秦家兄弟趕到東北與其他路援軍會合時，瀋陽已遭後金攻下。主帥老將陳策本想率兵撤退，但諸將群情激憤不願後撤，明軍於是決定在渾河與與後金軍決一死戰，秦邦屏領著石砫的白桿兵率先渡過渾河，其他的川軍緊跟在後準備在橋北紮營。但在營寨架設完善前，努爾哈赤的建州鐵騎就已從四方殺到，包括白桿兵在內的川軍沉著應戰，以長槍抵抗女真騎兵的衝鋒，正白旗衝鋒無果敗下陣來，隨後正黃旗也被川軍的長槍擊退，女真人死傷數千。
努爾哈赤看到陣地久攻不下也急了，此時，明軍降將李永芳找到了先前在瀋陽俘虜的明軍砲手，以重金作為酬賞讓他們操作大砲向川軍的陣地砲擊，這些砲手就這樣朝著前來救援他們的川軍砲擊，將川軍的陣勢一一打碎。加上久戰飢餓，體力不支下，遠從四川來到遼東的白桿軍幾乎盡數死於此地，秦民屏力戰之下得以負傷突圍而出，而秦邦屏則是於此戰死沙場，川軍一敗，後金轉而攻擊在河另一方的浙軍。
浙軍配有火銃，他們利用川軍爭取的時間擺好陣勢，以接連射擊阻止後金軍前進，但彈藥是有限的，一但火藥用盡，戰況又轉變為對後金有利的白兵戰。雖然同樣力戰不懈，但浙軍也步入了川軍的後塵，曾參與朝鮮之役的老將陳策力戰而死，戚繼光之侄戚金拉住了嘗試突圍的總兵童仲揆，兩將一同再次殺入敵陣直至不支死去。曾一度名震天下的戚家軍也在此役盡數覆滅，雖然努爾哈赤在渾河之戰只獲得慘勝，但是消滅大規模明軍的後金軍得以繼續往南進逼。
聽聞援軍戰敗、兄長戰死的秦良玉連忙趕到山海關，與兒子馬祥麟固守於此，阻止後金繼續進犯。馬祥麟當時年僅十六歲，但已擁有不下父母的武勇，在山海關與後金交戰時他的一眼中箭，但隨即忍痛拔出箭矢繼續策馬衝鋒，因此有了個綽號叫獨眼馬。在秦良玉與白桿兵的奮戰下，明帝國總算是守住了山海關。她則是向朝廷上奏請求撫卹戰死的兄長秦邦屏，兵部尚書張鶴鳴上奏：
「渾河血戰，首功數千，實石砫、酉陽二土司功。邦屏既歿，良玉即遣使入都，制冬衣一千五百，分給殘卒，而身督精兵三千抵榆關。上急公家難，下復私門仇，氣甚壯。宜錄邦屏子，進民屏官。」
四川、貴州叛亂四起，秦良玉解成都之圍
明熹宗朱由校採納張鶴鳴的建議，從優撫卹秦氏兄弟。在山海關情勢穩固後，秦良玉和胞弟秦民屏返回四川石砫，準備再徵兩千名士兵增援，但是他們回到家鄉還不到一天馬上又遭遇了事變。彝族土司奢崇明、安邦彥因不滿明朝拒發援遼東軍餉。四川巡撫徐可求又當著奢崇明的面怒罵彝族士兵都是老弱殘兵，奢安兩人因此憤而在四川、貴州起事，史稱奢安之亂。彝族士兵攻陷了重慶，並將始作俑者徐可求殺害，一名小官胡平表僥倖逃出，來到石砫請求秦良玉發兵救援。
