事實上，自直立人開始，在歐亞大陸發生的人類進化就在以分支進化的方式進行。過去人們提到的直立人和早期智人實際上還可以進行細分。
當被問及，是否支持澳洲合作夥伴科諾有關馬鹿洞人是從非洲遷徙而來一說時，吉學平認為，200萬年前，人類存在的證據都在非洲，當第一批到達歐洲大陸後，此後既有多批從非洲遷徙的古人類，又有從歐亞大陸剝離出來的新的分支在遷徙和分化，有的進化快，有的進化慢，因此，很難下馬鹿洞人是從非洲遷徙而來的結論。
中國科學院古脊椎動物與古人類研究所研究員劉武也協助參與了馬鹿洞人的研究。在這位古人類學家看來，馬鹿洞人的發現揭示出中國西南地區在現代人興起的時代仍然生存著相對比較原始、相對比較隔絕的原始種群，這使得學界對人類演化的多樣性有了新的認識。
為什麼是中國西南部？
以往認為，人類從舊石器時代到新石器時代演化到距今1萬年前後，已經演化得較為先進，已經即將步入農耕文明，但雲南馬鹿洞人的出現，讓人們發現，在距今1萬年前的中國西南地區仍有一些種群保留著原始特徵。
不過，在研究馬鹿洞人的過程中，隨著新發現不斷地被吉學平和科諾的團隊發表，國際上也不斷產生疑問和謎團。馬鹿洞人究竟是誰？他們為什麼從舊石器時代一直繁衍到現代人類的時代？為什麼他們只出現在中國的西南？
吉學平推測，馬鹿洞人可能是各路人類種群進化得比較慢的一支，這與中國西南獨特的地理環境相關。雲南地處青藏高原的東南緣，低緯度高海拔，盆地多洞穴多，氣候比較溫暖，熱帶亞熱帶氣候使得馬鹿洞人比較輕鬆地度過冰期，因此也以較慢的速度進化，較多地保留了原來的特徵。
同時，馬鹿洞人的發現，也佐證了東西方文化、人種、基因在早期就已有雙向交流融合的說法，說明人類並不是在某一地區單獨起源，是在不斷遷徙、交融中演進形成。
