最近兩岸有兩個對「爭議領土」發言引起爭議，一個是柯文哲有關釣魚台的發言，另一個是習近平對琉球的談話。
柯文啠6月2日在日本接受《NHK》專訪時談到釣魚台問題時說，台灣漁民不是要爭這塊土地，而是能在那邊捕魚就好。這句話被解讀成柯文哲不想爭取台灣對釣魚台的主權，於是他隔天接受台灣媒體訪問時又解釋補充說，他的意思是「先解決民生問題，有爭議的後面處理」。他說，自己在蘇澳漁港聽到漁民抱怨，捕魚時被驅趕或罰錢，所以認為要先解決生問題。
柯文哲說話不嚴謹不是偶爾出現而是常態，像他公開說要發展網軍癱瘓中國高鐵就是一例──即使網路戰、電子戰已成各國國安戰略一環，但也沒有人會公開大肆宣揚。不過，柯文哲對釣魚台說詞雖不嚴謹，但正是2013年簽訂的《台日漁業協議》的基本精神。依據這項協議，在北緯27度以南及日本先島諸島以北之間海域，台灣漁船作業權益獲得確保，不受日本公務船干擾。這個範圍比台灣原訂的「暫定執法線」內海域還大。當初這項協議能簽成，一方面是之前日本出現釣魚台國有化主張，導致台灣漁民集結到釣魚台12浬附近抗議，對日本形成一定壓力；另一方面則是當時日本首相安倍晉三的友台態度，讓此項協議能在2013年4月的第17次台日漁業會談中達成共識。
國民黨立法院黨團總召曾銘宗批評柯文哲沒有好好做功課，不知道2013年的協議已解決了漁權問題，「國際常識嚴重不足」。其實，柯文哲稱聽到漁民的抱怨也是事實，因為日方執法的確時緊時寬，而北緯27度以北及日本先島諸島以南海域的漁權還解決，也會出現漁民越界被日本自衛隊取締。如何把主權爭議放一邊、繼續處理漁權問題，本來就應該是台日漁業會談要繼續處理的問題。就這點而言，不論是當年簽下協議、提出「東海和平倡議」的馬英九，或現在民進黨政府的領導人蔡英文都會同意的。
