中央研究院（中研院）是直屬中華民國總統府的「學術研究最高機關」，其院長是與「五院」院長平行的特任官，副院長的職等為14級，相當於國立大學校長；而任職於其中的公務員，職等都比在大學任職者高兩級。至於中研院研究員的學術研究費，本就較大學教授為高；自從訂定了「特聘研究員」的研究獎助費制度後，更有許多人領取高薪。[1]
自從諾貝爾得主李遠哲1994年擔任院長之後，幾乎無人敢阻擋中研院預算、組織與人力的不斷擴增。[2]如依該院的正式組織編制，上自特任院長，下至委任一職等書記，不過二百人。但「目前包括政院人事費、業務費聘用的研究員、行政、技術人員、技工、工友、駕駛、駐衛警、職員等，已達一三九七人。」而預算則「由一九九四年的三十億元，擴增到二○一七年的一四一億元。」[3]也就是說，20餘年來擴增的人力將近7倍，預算將近5倍。足見國人近年對中研院的高度支持與殷切期望。
但中研院的實際表現如何？國際上關於學術研究機構（包括純研究機構及研究型大學）基礎科學研究成果的評比，眾所矚目的有英國Nature期刊（通常譯為《自然》）自2015年開始進行的「物學指數」（Nature Index）排名。[4]它係根據各機構在82種「物學」（基礎科學）領域重要期刊（natural-science journals）的「貢獻值」（之前稱為FC-“fractional count”，現改稱為“share”）逐年排序，可以看出各機構在物學領域貢獻的梗概。從2016年到2023年，中國大陸的中國科學院（CAS）、美國的哈佛大學（Harvard U.）、法國國家科學研究中心（CNRS）與德國的普朗克研究所群（Max Planck Society, MPG）這四個機構總排在前四名，相當穩定；而其中中國科學院一直獨占鰲頭。
中央研究院與國立台灣大學這兩機構近年來在物學研究方面的表現與趨勢，不難從表一看出來。在此特別選出幾個有代表性的機構一同表列，以供比較。如北京大學是大陸最著名的國立大學；蘇州大學是大陸最好的省屬大學；韓國的科學技術院與日本的理化學研究所是東亞地區與中研院性質較相近的研究機構；香港城市大學則是香港諸大學中與台灣大學可相匹敵的大學。
由上表可以明顯看出：中研院、台灣大學與日本理化學研究所的排名節節退步；韓國科學技術院持平；而北京大學在緩緩上升，已進入前十名；蘇州大學與香港城市大學這兩個後起之秀則進步神速，令人刮目相看。
若分領域觀之，則中研院在各領域的表現都顯著退步（見表二）；生命科學研究的成績，尚排在全世界200名之內，但化學、地球與環境、物質科學三領域則都在200名之外。（值得注意的是，自李遠哲之後的三任院長，專長都屬化學。） （相關報導： 幕後》還原金門看海始末！郭台銘沒說「海誓山盟」 夜會柯文哲是談這些 ｜ 更多文章 ）
這些客觀的數據，真讓關心台灣學術發展的人大大地失望了！若說是由於薪津水準與研究經費不足，導致中研院與台灣大學學術研究不如理想；那又怎說明，中研院研究人員的薪津高於台灣大學甚多，又無教學負擔，但其研究成果竟輸給台灣大學的事實？只能獲致一項結論，就是中研院在李遠哲及他大力推薦的翁啟惠、廖俊智兩位院長的領導下，在持續沉淪！
