中華民國空軍經過抗戰八年的損耗，是在美國的軍事援助下又慢慢重建起來，從美國國務院的公開檔案當中，可以看到美國對中國政府的空軍投資高達2億5000萬美元。但是在國共內戰期間，在共軍並無空中武力的反制對抗下，國府空軍的表現並不出色，甚至被美方形容白天不敢出動，晚上才出動，也不敢飛太低，炸射不準確。
在當時的環境下，陸軍仍然是最強勢的部隊，空軍的問題，某些原因出在國府將領對於運用戰機的觀念錯誤，把戰機當成陸軍部隊指揮，也沒有維修保養戰機的正確觀念，調動戰機部隊到前方，為了省錢，就把後勤維修部隊留在後方，反而容易造成昂貴戰機裝備的損耗，最後讓蔣中正請宋美齡出面邀集中美將領，共同研商解決空軍的問題。不過，空軍在內戰後期的1949 年初期，就開始有組織地往台灣遷移，保存僅存的戰力。
1948年秋天，共軍在東北全境發動攻擊，共軍勇猛頑強地抵抗國府部隊沿北寧鐵路西進攻勢，成功阻止國府救援錦州的企圖，圍困攻占錦洲，所有東北國府軍隊撤出東北的主要路線因此中斷，只能做困獸之鬥。共軍雖無空中武力，可是地面砲火威脅不小，瀋陽領事館在10月15日給國務院的電報稱，根據未證實的消息，兩架P-51野馬式戰鬥機與一架B-25轟炸機幾天前在錦州一帶被擊落，一架國府空軍運輸機裝載60人，10天前在錦州附近被擊落的消息，已經被證實。
共軍準確的地面砲火，或許就是國府戰機不敢飛太低的原因之一，飛機不敢飛太低，當時連蔣中正都知道這種窘況。當時國府在東北節節敗退，情況危急，10月31日，瀋陽領事館給國務院的電報稱，瀋陽的鐵路、軍火庫都沒有遭到國府爆破破壞，所有人都想辦法逃出瀋陽，無法確認是否還有留下來的部隊，會執行爆破任務，根據最近的許多例子看來，國府軍隊放棄許多東北城市時，國府空軍就會在投降後飛回來隨意挑選目標轟炸，造成許多無辜民眾生命與財產的損失，因為炸射不準確，很少對軍事目標造成破壞。領事館建議國務院，請大使館與美軍顧問團，向國府提出要求，希望國府空軍不要對瀋陽進行報復轟炸。
11月1日，歷經三年國共雙方的戰鬥，國府在東北戰場以慘敗收場，瀋陽在錦州與長春接連失陷後，也在這天為共軍占領。美國駐華大使館當時決定將瀋陽領事館留下部分人員，而沒有像長春一般，所有人都是事先撤走。在美國國務院公開檔案當中，可以看到美國駐華大使館接受國務院的指示，大使館非常謹慎地為了中國空軍是否轟炸瀋陽，向中國政府當局提出詢問，假如國府空軍會轟炸瀋陽，大使館要立刻指出瀋陽當地美國人所在位置，希望所有在瀋陽被共軍攻占後的轟炸行動，國府空軍都能夠很小心謹慎地侷限在有軍事特殊意義的目標。
國府在國府部隊棄城投降後，派飛機轟炸總是應付應付，亂丟炸彈，美國人就怕殃及無辜，所以請國府不要對瀋陽濫炸，但是國府哪裡聽得進去，根據美國大使館1948年11月3日從南京發回國務院的電報，電報中說美國軍事’顧問團團長巴大維告訴國防部長何應欽，如果中國空軍真的要攻擊諸如大型彈藥庫等瀋陽地區的軍事目標，應該在大白天飛來，飛機保持1000到 1500呎的高度轟炸，而不是晚上才敢過來，在2萬呎高度一片漆黑的夜空中投彈。大使館在電報中宣稱，我們得到中國外交部保證，中國空軍已經接到特別指示，避免誤擊外國領事機構。巴大維說，中國空軍已經毀損了ㄧ些美國所屬財產，投彈位置接近美國領事館，讓人感到很不自在。
空軍飛機老是炸不準，毀損了美國財產，這可是麻煩事情，但是國府還是照炸不誤，後來撤退到台灣之後，派飛機跑去上海轟炸，炸了上海的發電廠，結果台北的美國領事館人員馬上跑來外交部抗議，因為上海楊樹浦發電廠，是美國人投資興建，是美國商人的財產，國府毀損美國人的東西，美國政府當然要表達不滿。不過，這次轟炸上海是炸準了，沒有炸偏。
國府空軍的窘況在更早之前，就暴露出內部管理的問題缺失了。1947年4月28日，美國駐華大使司徒雷登給國務卿的電報當中，報告了他與蔣中正談論到國府軍隊後勤補給的問題，蔣中正請司徒雷登轉達，國府空軍的飛機太過老舊，飛行員不敢飛太低。這時國共雙方還沒有打得那麼激烈，美國援助的戰機卻已經被嫌棄老舊，但空軍的問題，蔣中正不一定搞得清楚，因為從電報內容看，關於國府空軍的後勤問題，蔣中正在談話當中顯示他不太知道空軍部隊實際的情況，
司徒雷登提到在昆明與成都一帶，仍存放有5萬6000噸的空軍裝備，一半以上都還可以使用或者經過修理後可使用。另外，空軍戰術部隊的調動，飛機維修部隊卻沒有跟著一起調動，這種情況必然會造成沒有意義的損耗。關於司徒雷登提到的兩點空軍問題，蔣中正都不知道這些情況。
對於空軍後勤問題嚴重，影響到空軍戰力，蔣中正指派宋美齡與空軍總司令周至柔，與司徒雷登、美軍顧問團空軍主管麥康納（McConnell）會商。中美雙方再次確認昆明與成都的空軍裝備數量，周至柔提出他早已將許多關鍵零組件從昆明與成都運出來，但目前大概都消耗得差不多了，宋美齡非常關切這問題，詢問美方現在何處還可以取得這些零組件，麥康納表示，現在已經無法取得，因為在中國來說是很重要的零組件，在世界上其他地方也是一樣重要的，他無法為了自己的任務行動，獲得這些零組件
大使館的電報宣稱，國府對於調動空軍戰術部隊時，勤務支援部隊沒有一起調動，在缺乏維護與補給情況下，會造成戰術裝備的損耗浪費，空軍因為經費問題，不願意將勤務支援部隊隨著戰術部隊一起調動。宋美齡質問周至柔與麥康納，到底情況如何，周至柔沉默未答，麥康納說，最近有一個中型轟炸機部隊從漢口調動到北平，周至柔的參謀告訴美方，因為成本太高，空軍沒有錢，也無法獲得經費，所以勤務支援部隊不會隨著一起調動。周至柔解釋，這項調動還只在計畫階段，他還沒有申請經費。
麥康納表示，國府空軍部隊被分散成零散小股的部隊，散布在全中國各處，這樣會使得空軍戰機無法獲得適當得勤務支援，甚至是沒有任何維修勤務得支援。造成這種現象的原因，是陸軍指揮官要求一小部分空軍戰機部隊，能夠交由它們控制，配置在他們所希望配置的地方，周至柔只能被迫服從這些陸軍指揮官。
麥康納說，這種情形持續下去，再過15個月到18個月，空軍部隊就不會有任何的效能。許多陸軍指揮官要求配置戰機的機場，並不符合空軍作戰任務的需求，因此造成了過多的意外事故。由於蔣中正與軍方將空軍運輸機當成聯絡交通使用，或者運送地面部隊，使得空軍無法運用運輸機，將維修勤務供給那許多不同得戰機部隊，這些情況再不改善，國府空軍將不復存在。
麥康納說，今日的國府空軍象徵著美國對中國投資了2億5000萬美元，如果中國政府不能提供必要的經費維護，這項投資很快就會變成浪費。宋美齡深感問題嚴重，她說，我們必須想想辦法，如果我們自己不保養這些裝備，沒有人會再賣任何東西給我們。麥康納也建議宋美齡要讓蔣中正理解，中國空軍需要對自己的作戰任務與指揮，有完全自主，允許把空軍戰術部隊集中在幾個基地當中，讓空軍飛機能夠有適當得勤務支援，避免打散成小單位分散出去，造成勤務支援得不便。
空軍來台後。整個組織的指揮管制，與在大陸時期的確有了不同，畢竟當時空軍總司令部完整地遷移台灣，各地的陸軍部隊逐一被共軍消滅後，到了1949年末，國防部與陸軍總司令部，在混亂的戰局當中，一個解散，一個不知所蹤，後人連查考史料都不知道如何確定陸軍總部最後的下場。來台後，東南軍政長官公署主導台海軍事防務，等到蔣中正復行視事後，才重建國防部，恢復陸軍總部編制。來台後的空軍，脫胎換骨，逐漸成為台海防禦的第一線兵力。
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