奧本海默喜歡研讀梵文佛理（他懂八種文字），當他在一九四五年七月十六日清晨五時三十分在新墨西哥沙漠上看到第一次原爆成功時，天際上出現了萬道光芒，他想到了《摩阿婆羅多經》中的《福者之歌》中的一段﹕「漫天奇光異彩\猶如聖靈逞威\只有千個太陽\始克與它爭輝。」但是，原子彈在廣島與長崎所造成的巨大殺傷力使得奧氏的心靈受到極大震撼，他開始注意到原子彈所帶來的道德與良心問題，他痛切反省科學家的責任。他要求國際共同監督原子能用途，並堅決反對發展氫彈，得罪了亦參與研發原子彈的科學家泰勒。一九四五年至五二年，奧氏聲望如日中天，政府以他的意見為政策。從一九四七年起，奧氏出任號稱「智者的旅棧」的普林斯頓高深研究所（與普林斯頓大學無關）所長，邀請一流學人在所裏沉思、冥想，為人類前程勾勒出遠景。愛因斯坦以研究所為家，史家湯恩比、詩人艾略特、物理學家楊振寧和數學家陳省身都曾駐足所裏。
一九六七年二月底，六百多人聚集在普林斯頓高深研究所追悼六十二歲去世的所長奧本海默，愛因斯坦的女兒、李政道和白宮代表都到了。
拒絕去國只愛美國
在研究所做終生研究員的外交家、倡議「圍堵」（Containment，又譯「遏制」）政策的喬治．肯楠（George Kennan，二零零五年一百零一歲辭世）回憶說，他在麥卡錫時代曾建議奧本海默到海外躲避政治風暴。肯楠對奧氏說﹕「海外有一百個學術機構歡迎你去！」但奧氏拒絕了，他含著眼淚說﹕「他媽的，我就是愛這個國家！」
