對此，阿里巴巴揚言要正式投訴。馬雲也為此飛赴北京，與發布這份報告的國家工商行政管理總局的時任負責人碰了頭。當日晚些時候，國家工商行政管理總局從其網站上撤下了這份報告，並表示報告實質是行政指導座談會會議紀要，不具有法律效力。阿里巴巴回應說，國家工商總局最新公布的資訊證明了該公司的清白。
目前還不清楚是什麼原因導致國家工商總局態度轉變，時任國家工商總局局長的張茅在2016年的一次電視採訪中說：「我跟馬雲一再強調，『你不是法外之地。』」
不過此番後退還是給許多中國人留下了這種印象：阿里巴巴已經強大到可以挑戰政府了。
中國官員還把目光鎖定在螞蟻2013年推出的餘額寶身上。這款投資產品讓數以億計的支付寶用戶能夠把現金轉入回報率超過中國國有銀行存款利率的賬戶。
2018年，餘額寶的主要基金成為全球最大的貨幣市場基金，在管資產約合2,440億美元。
中國監管部門下令螞蟻縮減這隻基金的規模，擔心這隻基金承擔了過高的風險。
到那個時候，習近平和馬雲之間的分歧已經公開化了。
超時發言
2015年9月，在西雅圖舉行的一次座談會上，正對美國進行國事訪問的習近平與美中兩國的知名企業高管會聚一堂，其中也包括馬雲和IBM時任首席執行官羅睿蘭（Ginni Rometty），當時每個人有三分鐘時間在習近平面前發言。
除了馬雲，其他人都是在規定時間內完成發言的。據在場的人說，馬雲的發言長達10分鐘，主要談論中國如何看待世界，以及中國公司可以採取何種措施來改善美中關係。
一位熟悉習近平看法的人稱，習近平當時「肯定不高興」。這是馬雲最後一次受邀與其他人一起在中國領導人面前發言。馬雲的一位發言人稱這種說法不實，但未做詳細說明。
馬雲曾應時任美國總統歐巴馬（Barack Obama）邀請參加在白宮舉行的私人午宴。他也曾在巴黎愛麗舍宮與時任法國總統歐蘭德（Francois Hollande）討論電子商務。
2017年年初，馬雲與當時的美國當選總統川普（Donald Trump）會面。在鏡頭前，兩人走進位於曼哈頓的川普大廈（Trump Tower）大堂，川普稱讚他的客人是「一位非常非常偉大的企業家」。
在阿里巴巴成立18周年年會上，馬雲打扮成麥克·傑克遜（Michael Jackson）的樣子，當著大約四萬名員工的面，隨著「Billie Jean」的節拍起舞。YouTube上有成百上千萬的人觀看了這場表演。
雖然馬雲在國外名聲大噪，但他在國內的影響力卻在下降。他的私人辦公室有時會通過中共中央委員會的一個辦公室向中國領導層提出建議，該辦公室向習近平彙報。但馬雲只是偶爾得到回覆。
