對於出海時機的問題，黃余發接受媒體訪問表示，他曾建議海象不佳，不宜出海，但未獲「研究員」採納，至於是哪位「研究員」，他不願說明。但海洋大學校長張清風以該校的「海研二號」為例，指能不能出海開船，全由船長一人決定，並非共識決。
羅清華呼應黃余發的說法，依照慣例，「海五」出海並非船長說了算。他說，船期由海科中心排定，但是否出海，船長行前要跟首席科學家開會討論，兩人會根據海象資料共同決議是否即刻開船，而這次「海五」的首席科學家即是遇難的許世傑。他認為，以當時海象風速六到七級、海浪四米，這項決策其實是合理的。
海五三月遭日艦驅趕
為了監測大氣污染，海研五號也曾遭日艦驅趕。今年三月二十九日「海五」在日本宮古島附近的台、日經濟重疊海域從事探測時，遭日方海巡船緊隨、驅離，「海五」為避免爭端，隨即駛離，續往下一站東行，不料日方飛機緊迫釘人，又來逼「海五」離開。由於「台日漁業協議」的適用範圍並未包含研究用船舶，台灣方面並未向日方表達抗議。
台灣政府財政困窘，研究經費能省則省，甚至省到連造價高昂的海研五號十八名船員都是委外經營，顯得有些離譜。外界質疑此舉間接造成此次海難。張清風直言，「海五」的船長、輪機長、機組人員都採外包，並不妥適，為了節省人事費用，可能會造成螺絲鬆垮，得不償失。但張善政澄清表示，以委外方式辦理船務操作是基於專業分工，並不是要省錢。
