感受不到美國政府重視的李仙得，只好把希望寄託到崛起的亞洲強國日本身上，並且以1871年10月再度爆發54名沖繩船民在屏東牡丹社遭排灣族原住民出草為由，鼓動日本對台灣出兵。辭去美國駐廈門領事職務的李仙得，為日本外務省聘用為顧問，在1874年為進攻台灣的日軍將領西鄉從道出謀劃策，引起清朝大臣李鴻章對美國的強烈抗議。
與美國分道揚鑣的李仙得
結果李鴻章的抗議，似乎為美國政府給聽進去了。所以當李仙得在1874年9月22日，以日本政府代表的身份大搖大擺的到廈門與清朝談判時，突然被從四面八方冒出的美國海軍水兵扣押，並且被強行拘留了起來。
被關了將近兩個月後，李仙得才因為日本從台灣退兵的關係而被釋放，顯見美國不只對台灣沒有領土野心，還以強烈手段阻止了李仙得以個人身分顛覆清朝對台灣的統治。
或許也因為對美國政府失望的原因，最後李仙得放棄了他美國人的身份，轉而加入日本國籍。後來他又獲得大韓帝國皇帝高宗李㷩之請，前往朝鮮擔任顧問，並於1899年9月1日因中風在漢城（現譯首爾）去世。
李仙得雖然是美國公民，也擔任過美國的軍人與外交官，但實際上卻並非出生在美國的美國人，而且一生曾經換過至少三個國家的國籍，他一切關於台灣的主張都與美國政府毫無關聯。
而且從他最後娶了日本人當老婆，又在異國朝鮮病逝的情況來看，李仙得到了晚年幾乎是與美利堅合眾國分道揚鑣。他被派往朝鮮的目的，表面上看起來是效力高宗皇帝，幫助大韓帝國走向現代化，實際上卻更可能是替日本征服乃至於殖民朝鮮的計畫服務。
也就是在李仙得去世的六天後，美國國務卿海約翰（John Hay）發表「門戶開放」政策，宣告了美國對中國事務的立場。
此刻美國已經擊敗西班牙，獲得了菲律賓殖民地，在亞太地區有了與英法俄日等列強較勁的地位。眼見美國隨時可能因為中國遭到列強瓜分，而失去進入中國市場的機會，美國政府確立了維護中國主權獨立與領土完整的政策。此一政策的目標，顯然與主張占領台灣，瓜分中國的李仙得大異其趣，儘管當時台灣已經因為清朝在甲午戰爭的失敗而成為了日本殖民地。
甲午戰爭與日俄戰爭的勝利，讓日本的野心越變越大，希望能壟斷整個中國乃至於亞洲市場，與美國的衝突自然是無法避免。從這個角度來看，最終選擇與美國分道揚鑣，甚至於背棄美國加入日本國籍的李仙得，哪怕是用「叛國」形容都不過分。在美國的外交體系中，他始終扮演的是邊緣人的角色，自然無法代表國務院決定台灣的命運。
