1782年，神聖羅馬帝國皇帝約瑟夫二世（Josef II）要求莫札特完成一部歌劇，莫札特創作了德語歌劇《後宮誘逃》（Die Entführung aus dem Serail）。1784年，莫札特加入共濟會，並迅速在隔年晉升為會長。
《費加洛婚禮》序曲
1786年，莫札特認識了義大利劇作家達．彭特（Lorenzo Da Ponte），後者說服了皇帝批准創作《費加洛婚禮》（Le Nozze Di Figaro）的歌詞，但皇帝後來認為該劇具顛覆意味，禁止上演。莫札特將達．彭特的歌詞配上音樂，《費加洛婚禮》於1786年5月1日在維也納首演，但其海報被迅速撤下，於是莫札特前往了布拉格，這齣歌劇成功博得滿堂采。
他隨後收到布拉格劇院指揮的要求，希望他能再寫一齣歌劇。莫札特請達．彭特填寫《唐．喬凡尼》（Don Giovanni）的歌詞，《唐．喬凡尼》在1787年10月28日於布拉格首演並一砲而紅。
在生命最後幾年間，莫札特身體欠佳，手頭拮据，當時他的好友海頓（Franz Joseph Haydn）也去了倫敦，因此這段時間的莫札特格外意志消沉。1791年，維也納知名小劇院導演席卡內德（Emanuel Schikaneder）託莫札特寫一齣歌劇，莫札特為他創作出《魔笛》（Die Zauberflöte），這部作品於1791年9月30日在維也納首演，同樣大受歡迎，但是對莫札特的境況沒有多大幫助。
1791年7月，瓦爾塞根伯爵（Franz von Walsegg）為了悼念亡妻，要求莫札特創作一首《安魂曲》（Requiem，KV626）；8月初，他收到為神聖羅馬帝國皇帝利奧波德二世（Leopold II）9月加冕創作「正歌劇」（Opera seria）的請求，而且必須於3周內寫完，莫札特不負所托，創作出《狄托的仁慈》（La Clemeza di Tito）。莫札特原本就因為疾病與貧窮而身體衰弱，再加上工作的重負，他在1791年11月20日病倒了；同年12月5日，35歲的莫札特英年早逝，留下尚未完成的《安魂曲》（Requiem），他葬於維也納郊區的聖馬克思墓園（Sankt Marxer Friedhof）。
