目前南海局勢緊張，越南接連發生大規模排華運動，台商飽受波及。《新華社》14日中午以快訊報導，國台辦發言人馬曉光應詢時表示，大陸方面已通過多種管道，提出兩岸在南海問題上協同合作的倡議，希望得到台灣有關方面的回應。在此敏感時刻，對岸的喊話尤令外界關注。
馬曉光提出的合作倡議，具體內容尚且不知。早在2012年10月，兩岸學術研究機構共同發表2011年南海地區形勢評估報告，內容建議應建立兩岸軍事協調機制，共同維護南海主權，並把南海合作事宜首先納入兩岸兩會（海基會與海協會）協商機制當中。媒體詢問國台辦發言人楊毅是否贊同此觀點？
楊毅2012年10月31日在例行記者會上說，中國對南海諸島及其附近海域擁有無可爭辯的主權，維護國家主權和領土完整，「維護中華民族的整體利益是兩岸同胞的共同責任。我們歡迎兩岸各界人士就兩岸南海合作事宜提出積極建議，也樂見兩岸有關企業和民間機構就此問題展開探討。」
事後，記者請教海軍人士，在南海維權問題上兩岸一旦合作，在技術操作上有哪些困難？他說，兩岸仍處於敵對狀態，雙方海軍既無通聯前例，作業程式也不同，「根本談不上操作！」這是政治層面問題，兩岸敵對狀態不解除，海軍只能以敵對的作業程式因應海情。
2013年5月9日菲律賓公務船射殺台灣漁民引發「廣大興號事件」。《新華社》記者5月15日詢問國台辦發言人楊毅，大陸方面對此事件是否做出進一步評論？楊毅說，中方多次強烈譴責菲方槍殺無辜台灣漁民的野蠻行徑。「我們要求菲方認真嚴肅對待，儘快徹查真相，嚴懲兇手，給被害漁民一個交代。」
台灣媒體接著提問，台灣將以軍事演習向菲律賓示威，大陸方面是否支持台方行動？楊毅表示，「維護兩岸漁民權益是兩岸雙方責任所在。我們已多次強調，要求菲方徹查真相，嚴懲兇手，給受害漁民一個滿意的交代。」
大陸媒體又問，中國海軍近日在南海實施常態化巡邏制度，同時東海艦隊完成西太平洋演訓任務後刻意經過巴士海峽，外媒認為這是大陸對台灣的支援，國台辦有何評論？楊毅指出，「維護台灣同胞的安全和權益是我們一貫的做法。至於你提到那些軍艦的活動，我建議你向國防部詢問。」
2013年5月18日《環球時報》發表社論稱，大陸與港澳兩地應協助台灣共同制裁菲律賓，如限制從菲律賓進口商品，或鼓勵民眾不要前往菲律賓旅遊等，媒體詢問國台辦做何評論？楊毅說，「我們會密切關注事態的後續發展。我們要求菲律賓採取切實措施，杜絕類似事件再次發生。」
以上是國台辦近2年來對兩岸在南海問題上的表態。雙方有多少默契，做出多少實質上的合作，有賴歷史印證。在東海問題上，同樣能看出類似的軌跡。
日本政府2012年9月10日宣佈釣魚台「國有化」，國台辦9月12日舉行例行記者會。《新華社》記者率先詢問，兩岸是否對日本的「合作反制」進行過接觸？國台辦發言人范麗青說，「兩岸各自採取的維護中華民族整體利益的舉措都會得到全體中華兒女的堅決支持。」所謂「兩岸各自採取的舉措」，似乎與歷來的說法不同。
