台灣部分農民長期以來，大量抽取地下水，不僅導致高鐵彰化、雲林沿線地層下陷，地下水井免徵耗水費，更讓台灣養豬戶長期以來，用「免費」地下水沖洗豬舍，豬糞尿遭稀釋結果，導致農委會推動沼氣發電困難重重，農委會先前雖然樂觀預估，豬糞尿沼氣發電，每隻豬每年可以創造500元額外收入，但農委會官員坦言，台灣豬糞尿目前使用的「三段式處理模式」，沼氣發電實際效果只有4分之1不到，如果不改變飼養模式，豬糞尿沼氣發電在台灣發展並不樂觀。
台灣畜牧業長期以來，習慣使用「免費」的地下水井，去年下半年《水利法》第84之1條耗水費正式上路，但立法院考量耗水費徵收，對用水量最大的農業部門衝擊很大，因此決議農業部門緩徵耗水費。
「農民無地下水付費概念」 水權2700元用到飽仍引反彈
水利署副署長王藝峰表示，水利署針對農民使用地下水井灌溉，發給農民「水權狀」，僅收取2700元行政規費，水權狀到期展延也只收取1500元展延費，農民取得水權後，水量使用多寡，除非導致地層下陷，否則並沒有任何限制。
儘管農民使用地下水，幾乎等於免費，日前雲林縣政府納管水井，虎尾、土庫地區農民收到徵收水權狀公文，每口井收取2700元，仍然引起部分農民反彈，強調「種一輩子田也沒聽過要繳水權費」。
農民長期以來，對地下水資源，沒有養成付費觀念，間接導致養豬業沼氣發電的推動上困難重重，環保署水保處專門委員魏文宜表示，豬糞尿如果能不加水稀釋，直接厭氧發酵，沼氣生成量愈高，不過目前台灣多數豬農，仍習慣用水清洗豬舍，這樣的飼養方式，不利於沼氣生成。
補助沼氣發電、廢水處理設備 農委會盼翻轉豬農飼養觀念
為了改變農民飼養方式，雲林縣農業處畜牧科長蔡耿宇表示，農委會目前針對養豬頭數在2000頭以上豬農，除了提供沼氣發電設備補助外，目前也補助農民興建農舍的雨污水分離處理管線，同時鼓勵豬農高床養殖，豬糞尿收集後直接放入厭氧發酵槽，上述補助不僅可以提高沼氣發電效率，也可以減少廢水排放量，降低水污費負擔。
蔡耿宇表示，在政府調高沼氣發電躉購電價後，雲林縣目前已有專業廠商協助豬農設置沼氣發電與廢水處理設備，養豬戶可以在不增加額外支出情況下，分到6%的售電收入。 （相關報導： 「台灣豬要有競爭力」 沼氣發電設備還沒裝好 畜牧水污費已上路 ｜ 更多文章 ）
農委會官員預估，在環保署放寬處理後的沼渣沼液轉做農地肥分後，多數豬農在今年水污費上路後，初期將以農委會官方統計飼養頭數，繳納水污費，在此同時，環保署會針對養豬場排放廢水的水質水量，建立起基礎統計資料，作為日後計費的標準。配合各縣市環保局加強取締，偷排廢水的情況可望減少，不過養豬戶抽取地下水的飼養模式，短期內仍難以改變。
