民進黨政府綠能產業中最重要的生質能發電，獎勵辦法出爐，原本最被詬病的躉購電價遠低於太陽能的問題，也獲得解決，躉購電價從每度2.9元調高為3.9元，為鼓勵豬農投資沼氣發電設備，能源局將委託縣市政府，提供每千瓦（KW）3.5 萬元設備補助。
環保署署長李應元表示，畜牧業明年1月起將開徵污水費，政府將透過棒子與胡蘿蔔雙管齊下方式，推動沼氣發電，未來豬糞尿等生質能至少可以為台灣貢獻3%，對於降低台電尖峰負載，將不無小補。
在丹麥、德國等再生能源發達國家，豬糞尿、廚餘等生質能沼氣發電目前已是主要能源，總統蔡英文旗下智庫幕僚，包括行政院長林全，先前都曾到丹麥考察沼氣發電，蔡英文競選期間喊出「台灣豬農要有競爭力」，也是從零廢棄的新農業角度出發。
不過，沼氣發電的躉購費率，遠低於太陽能發電的每度7元，讓豬農投資發電設備意願明顯降低，這個現象在新政府上台後，將有所改變。
能源局官員表示，過去沼氣發電係用柴油發電機改裝，發電效率較差，為鼓勵豬農投資高效率設備，能源局將透過再生能源基金，提供豬農每千瓦（KW）3.5萬元設備補助，若用高效率氣渦輪機發電，每千瓦（KW）再加碼補助3.5萬元。
另外，沼氣發電躉購電價也從每度2.9元，提高到3.9元。
李應元表示，豬農發展沼氣發電，不僅可以改善河川污染、改善生活環境，也可以增加農民收入。
能源局表示，目前《電業法》規定，發電規模在5百萬瓦的業者，需適用《電業法》規定，豬農大約要養1萬頭豬，發電量才會碰觸到《電業法》門檻，國內知名蛋商高雄石安，就投資了二套發電規模在495萬瓦的沼氣發電設備，迴避《電業法》適用問題。 （相關報導： 避免「假種田、真種電」 農委會嚴訂太陽能發電標準 ｜ 更多文章 ）
由於鼓勵小農投入獨立電業，是新政府重要政策，未來《電業法》修法後，適用門檻將從5百萬瓦提高到2千萬瓦。
