《保防法》草案爭議，蔡英文總統被質疑威權復辟，不過，知情者也說，蔡英文剛就職時，確實是有請相關安全部門，盤點、加強反情報、反滲透業務，但調查局送上來的草案，早在政院就被時任政務委員的林美珠退回，而草案內容及調查局相關人員對媒體的陳述，若非專業上有問題，就是有意識形態的問題。
草案才出調查局，去年6月就被政委林美珠退回
府方高層直言，調查局基於本位，確實曾將相關草案上陳，但府院態度，就是退回。知情者更透露，明明已被政院退回的草案，昨（9）日又被流出，經媒體披露，府院都曾要求，調查局作為當事單位，務必要出面澄清，但從昨日到今（10）日下午，調查局方面竟然都沒有任何作為。
據指出，《保防法》推動爭論，應追溯自去年總統大選結束，蔡英文總統正式就職前，由於美、日多國在和交接團隊互動時，都提到近年我國共諜狀況頻傳，讓跨國多項合作，受到不少困擾，蔡政府一就任，相關高層便請國安、調查、軍情等安全單位，就反情報、反滲透工作進行盤點，看既有機制要如何加強。
知情者說，高層指示後，去年6月間，蔡英文赴調查局主持調查員儀式，調查局除建議致詞稿中，將相關工作要「制定專法」納入，也把《保防法》草案，透過法務部送到政院，不過，當時負責相關業務的政委林美珠，在看過調查局草案，就認為草案會衍生許多新的問題，且對政府期待強化的反情報、反滲透目標幫助不大，就請調查局要拿回草案。
國安高層質問調查局長蔡清祥，蔡指報導和其無關
知情者認為，調查局草案，有太多調查局要和馬政府創立的廉政署較勁的脈絡，但政院在去年底，就明確被打槍，問題在今年 二月底農曆春節後，《聯合報》竟出現政院方面無法接受的草案內容，甚至內容還提到「外界誤以為保防工作主要在反制共諜，調查局發現包括日本等國外勢力滲透台灣情形也日益嚴重。」甚舉日本掌握我方保釣人士出海狀況為例，讓國安體系有不小困擾。
據指出，對相關報導，府院高層相當不滿，本要馬上找調查局長蔡清祥了解狀況，但蔡當時人在澳洲，最後是國安會負責情報工作的高層透過line質問蔡，為何媒體大張旗鼓報導？蔡也非常緊張，不斷澄清媒體報導跟他無關。
保防對象含涉美、日？府院特請邱義仁澄清
知情者說，由於媒體報導內容，指我方保防對象是指涉美、日等，府院還委請亞東關係協會理事長邱義仁，向日本澄清，事實上，調查局方面會將蔡政府交辦的強化保防工作做這樣的詮釋， 因為保釣人士每次要出動，都大張旗鼓媒體報導，全國上下都清楚的事，日方不能掌握？這根本有專業的問題。而保防工作扯上與我在國安領域密切合作的美、日，不禁讓人懷疑放話者的意識型態？ （相關報導： 《保防法》草案曝光 民團、企業、大學都是「被保防」對象 ｜ 更多文章 ）
知情者也強調，有人質疑日前民進黨中常會，行政院副院長林錫耀提到《保防法》，但林當天是在陳述政院如何規範退將赴中，在答覆時，提到會立保防法強化對中反情報、反滲透工作，跟政院早就退回調查局草案是兩回事，民進黨就是在乎人權，去年就把調查局草率制定的草案退回。
