對蔡主席來說，能否扭轉民進黨不分區立委流於派系分贓的質疑，顯然特別關鍵。畢竟在2011年蔡主席曾屈服於黨內派系壓力，難以照顧弱勢和學界代表，結果國民黨隨後公佈的不分區立委名單，包括兒福聯盟王育敏、身障代表楊玉欣、財政學者曾巨威，明顯比民進黨更加亮眼，至今仍讓人記憶猶新。
問題是，部分太陽花核心幹部（例如黃國昌教授）很可能投向林義雄新政團，明年必將提出不分區立委名單，與民進黨展開零和競爭。民進黨面臨不分區立委當選名額必將減少的壓力，蔡主席能否頂住黨內派系壓力，堅持弱勢代表提名，將備受各界關注。
二、法案審議：如何因應反服貿運動
首先是立法院本會期的兩岸協議監督條例，民進黨能落實多少民間版的嚴厲監督訴求？緊接著如果在7月召開臨時會審查表決服貿協議，民進黨如何因應反服貿團體的嚴格要求？
蔡主席出身行政部門，身兼國際經貿和兩岸專家，長期身為WTO和經貿談判顧問，又是現行兩岸法律架構的起草者，比誰都更清楚行政部門在兩岸談判過程需要多少自主權，這與民間版傾向「更多立法監督、更多公民團體監督」的「不信任行政權」立場，明顯有所衝突。蔡主席要如何折衷雙方歧見，將是無從迴避的挑戰。
其次，蔡主席也很了解，兩岸服貿與兩岸貨貿談判高度連動，也明白今年12月如果韓中FTA完成簽署，將對台灣經濟產生多大衝擊。問題是，在3.30黑衫軍凱道遊行之後，民進黨已經見獵心喜跟進太陽花，把服貿主張拉高到「重啟談判」的激進程度。蔡主席如何化解反服貿激進化所導致的台灣FTA佈局障礙，顯然也是一大挑戰。
三、修憲運動：如何因應公民憲政會議
在4月9日民進黨中常會，已經通過成立憲政改革小組，將針對太陽花所凸顯的憲政困境做出回應，核心議題有二：一是建立權責相符的憲政體制，可能包括強化總統問責、強化監督總統、化解總統與國會僵局。二是把制衡主政者的權力還給人民，可能包括降低創制複決門檻、降低政黨不分區立委門檻。問題是，馬政府顯然對修憲毫無興趣，刻意把「公民憲政會議」降格為不涉及修憲的「經貿國是會議」，蔡主席能否結合公民運動，逼迫國民黨接受修憲工程，恐怕也是一大難關。
領導情境大不同，黨內勢力波濤詭譎
光是太陽花所提出的「黨務改造、監督條例+服貿審議、修憲運動」三大挑戰，就已經足夠讓蔡主席心焦力瘁，但她所處的領導情境，明顯與2008年初次擔任民進黨主席時大不相同，加上她劍指2016年總統的企圖昭然若揭，未來的所有改革動作，將很難避免被添加上權力佈局意涵，黨內派系能否「無私而團結」在蔡主席領導之下，恐怕也不無疑問。
