台北士林憲兵隊今年9月初才發生「漢光演習專用智慧卡」離奇遭竊失蹤事件，9月底在支援馬總統安全維護勤務時，又被中山大學學生顏銘緯丟書抗議，書打中馬總統右腹。嚴重失職情事，讓憲兵指揮部全面整頓士林憲兵隊，整個隊幾乎被翻了一層。
首先是國軍年度漢光演習實兵操演從9月15日起舉行5天，演習前夕，憲兵202指揮部前往督導相關業務，要求保密軍官拿出演習專用智慧卡檢查，但卻赫然發現保管箱內的演習智慧卡已不翼而飛，更離奇的是，保管箱內的其他機密資料、物品並未遺失，「竊賊要的就是演習智慧卡，內情並不單純」。在經過調查也都查無所獲情況下，才緊急註銷智慧卡使用權限。
據指出，憲兵指揮部針對此事件，除懲處相關主管幹部外，並全面檢討內部管理問題，認為許多幕僚軍官都是久任一職，在管理都有末捎神經遲頓的情事，因此將全隊近2/3的軍官進行全面的調動。
但正在進行人事調整的同時，9月26日馬英九出席在台北大直典華飯店的台灣世界連鎖加盟大展國際晚宴時，遭學生顏銘緯丟擲書抗議，書打中馬總統右腹，這也是馬總統首度遭抗議物品襲中，這也讓負責總統安全的國安局長李翔宙相當震驚，連夜召集檢討會議。
大直典華的安全維護的責任區域，警方支援的警力是負責外衛區，飯店內部的內衛區，包括新聞記者的區域，是由士林憲兵隊負責，因此士林憲兵隊人員要負起最大的責任。
軍方人士指出，馬總統出席大直典華飯店5樓舉辦的台灣世界連鎖加盟大展國際晚宴，特勤中心早知道同一時間獨派團體台灣北社要在6樓舉辦募款餐會，且因人數眾多爆桌而移到1樓。當時內部曾建議馬總統近距離的接觸，考慮危安因素是否能取消，並未獲得馬總統的同意。
該名人士表示，所有支援的憲警人員都知道大直典華飯店有獨派團體活動，更應該提高警覺，但還是被學生靠近而出事，所以負責內衛區安全的士林憲兵隊責任最大。
由於1個月連出2次大事，憲兵指揮部雖已進行人事調整，但為全面整頓，未來將分批把全隊的軍官等幹部進行全面的更換，並派駐督導人員，作好其各項的維安工作。
