機關訴訟代理人:若宣告國安法第9條第2款違憲，重啟審判時證據如何呈現
而對於聲請方主張《國家安全法》第9條第2款違憲，機關訴訟代理人也反對。他們指出，時間過這麼久，如要上訴或抗告，證據如何呈現？證人或關係人能否出庭？如果不行，「審判是否流於空洞化」；他們也表示，對受裁判者來說，重啟司法審判不見得比補償好，現行作法是原則補償，例外不補償，而司法審判時，另一方不免會對受裁判者提出請求，「會造成些阻礙。」
擔任鑑定人的律師李念祖提出不同的思考，引起各方熱烈討論。
李念祖:變更釋字228號，白色恐怖受難者可依《國家賠償法》申請國賠
李念祖指出，《補償條例》不應被反面解釋，而造成不在補償範圍內者失去補償權利；他認為，大法官釋字436號、477號已確認，未經普通法院審判而經軍審剝奪人身自由，是違憲的，構成國賠要件，人民可依釋字9號，請法院宣告軍審判決無效，而若大法官會議能變更認定《國家賠償法》第13條合憲的釋字228號，並解決《國家賠償法》申請時效問題的障礙，白色恐怖受難者就可依據《國家賠償法》申請國賠，可同時恢復名譽並獲得賠償。
他指出，他相信有很多人不在《補償條例》或《戒嚴時期人民受損權利回復條例》的受裁判者範圍內，大法官會議不可能用一個抽象的解釋，或把所有人的名字都寫在判決書，讓他們一次得到救濟，利用國家賠償制度是最簡單、最容易、也是最完整的轉型正義方法，而且適用範圍很廣。
不過，聲請方並沒有要追加變更釋字228號。黃丞儀指出，聲請方的想法仍與李念祖不一樣。黃丞儀表示，杜孝生的悲劇，是在戒嚴體制下造成的，不應與民主化後的軍事審判問題混為一談；他舉例指出，軍人江國慶因被冤枉而遭槍決，依《國家賠償法》獲國賠，與杜案這兩件事的「意義完全不一樣」，若用釋字436號，就會讓要解決戒嚴體制下政治暴力問題的轉型正義的意義「全部稀釋掉」，所以聲請方並不打算採取這樣的論證。
模憲的第2次言詞辯論將在11月19日召開，12月底做出判決。
