不過，農田水利會無償使用私人土地問題，因為年代久遠，處理上非常棘手。近年來，全台農田水利會自籌財源能力欠佳，多數水利會以變賣資產作為營運資金籌措來源，對於早期無償徵用之土地，根本無力解決。
根據106年度中央政府總決算審查報告，全國17個農田水利會近5年度平均自籌財源比率為61.42％，其中，花蓮及台東農田水利會自籌財源比率僅4.30％及5.70％為最低，顯示全台農田水利會近年來，主要靠變賣資產收入為其自籌收入來源。
市值高達1087.6億的私人土地，未來會是縣市政府的帳嗎？
審計部指出，各農田水利會無償照舊使用他人土地面積龐巨，尚待價購或徵收，未來改制為公務機關後，可能衍生政府未來或有給付責任事項，允宜妥為籌謀因應，截至2018年2月底止，全國17個農田水利會農田水利設施照舊使用他人土地，共計24萬筆，總面積6170.90公頃，其中已承租使用土地僅8629筆，面積238.71公頃；無償照舊使用他人土地23萬1478筆，面積5932.21公頃，其中私有土地15萬4402筆，面積2910.80公頃。17個農田水利會當中，石門與嘉南農田水利會，無償照舊使用他人土地面積最大，均有數百公頃之譜。
上述無償照舊使用之私人土地，若以公告現值計算，市值達1087.6億元，審計部認為，農田水利會無償使用之私人土地，如同各縣市政府尚未取得之既成道路及公共設施保留地徵收補償，長期掛在縣市政府的帳上，成為一種尾大不掉的存在。
對於審計部之審查意見，農委會方面回覆，已要求各農田水利會衡酌財務收支狀況，依事業需要輕重緩急順序，辦理價購或承租水利設施用地。至於全台農田水利會過去5年自籌財源比率偏低，必須靠處分土地資產挹注收入來源，農委會強調，對於各縣市農田水利會之土地資產處分，都有嚴格的限制，非事業用土地面積超過500平方公尺或農業用地面積超過1000平方公尺，除地形狹長、未直接臨路、利用價值低等情形，農委會同意處分外，其餘大面積土地之出售，農委會均未同意。
