證券商公會並指出，證所稅課徵後，由於興櫃股票市場稅負不輕，已衝擊到企業申請意願，興櫃公司登錄家數已大幅減少，勢必將使新上市櫃公司ＩＰＯ件數減少，這個現象也已經出現了。
統計資料顯示，台股新上市櫃ＩＰＯ件數在一二年證所稅復徵後已逐步下降，一二年新ＩＰＯ家數還有61家，到一四年只剩49家；而新上市櫃公司在台股的籌資金額也大幅縮水，並在兩岸三地的股市中敬陪末座。
例如，一四年台股新股ＩＰＯ件數籌資金額為292億元台幣，而同時香港股市的新股ＩＰＯ籌資金額為9000億元台幣，籌資金額為台股的30倍，至於上海和深圳股市籌資金額也都超過1500億元台幣。
證券業者指出，台股若持續萎縮下去，有能力的新企業就不見得要來台灣申請上市櫃，缺乏新股刺激，國內企業難籌資，民間投資動能更低，屆時恐形成惡性循環。
多位專家指出，要解決目前的經濟困境，必須從調整現行稅制結構做起，逐步拉起國內的競爭力，可採取四個方向調整：將薪資分離課稅、承認證交稅中含有證所稅、先檢討政府支出再談加稅、以及從營業稅及房地稅找稅源。
四大藥方解開困境
薪資分離課稅 停徵證所稅
針對薪資課稅問題，楊子江認為，目前薪資最高稅率達四五％，實在是太高了，而且從職場經驗來看，一般人除了能力夠強外，也須熬到45到50歲，才能爬到企業高位，這時就算有千萬元年薪，離退休的日子也不遠了，能領高薪的時間並不多，稅法何必對這些人這麼嚴苛呢？楊子江認為，應把薪資所得從個人綜所稅中分離出來，單獨課稅並適度降低稅率，以協助企業吸引人才，因為人才是經濟發展最重要的元素，沒有人才，談什麼都是空談。
台大經濟系教授李顯峰則指出，另一個處理方式是採例外管理，即企業引進對台灣產業、社會、競爭力有重要幫助的人才，可以給予減稅，以減輕企業吸引人才的成本。
稅制調整的第二步就是財政部應考慮讓證所稅恢復原狀，讓股市休養生息，回復元氣。
「在證所稅課徵前，投資人早就負擔了較重的稅制，並非一味逃避繳稅，」券商公會表示，在財政部前部長李述德任內，財政部已在官網中說明，「我國雖無資本利得之名，惟有針對資本利得課稅之實……，現行證交稅已含有對證券交易所得分離課稅」，顯然財政部先前也承認證交稅中已隱含證所稅；財政部長換人後，說明雖不見了，但不代表並不曾存在。
也由於證交稅中含有部分證所稅，根據○八年賦改會對證券交易所得的報告，及提出的證所稅復徵方案中，多數均有提到若要復徵證所稅，有必要考慮須同步調降證交稅，但財政部於一二年卻無視於賦改會的方案，硬要復徵證所稅且不降證交稅，終於引發業者的反彈與不信任。
