因應國際/國內COVID-19群聚傳播風險逐步擴散蔓延，港務公司要求各單位嚴格執行「因應嚴重特殊傳染性肺炎(COVID-19，新冠肺炎)職場員工健康防護計畫」等各項防疫作為，以維護公司所屬員工健康安全與港區營運安全。
為維護港區正常營運及到港服務船員、港區航商業者等相關業者防疫作業安全，除宣導並要求港區相關人員應遵照「港埠防疫 COVID-19作業指引」及「COVID-19疫情警戒標準及因應事項」，據實辦理各港旅客服務中心，落實通關場站清潔消毒、人流管制、動線規劃、酒精洗手液隨時填充準備等各項防疫相關措施。
另港埠作業及船邊作業等相關工作人員，應分班作業，前後班之交接人員儘量避免作業時間重疊，交接事項以透過無線電或通訊軟體等方式為原則，作業前應測量體溫、確實佩戴口罩、保持社交距離；到港船員禁止下船。對於船員活動範圍、人數及作業時間，業者應進行管制並詳實登錄記載每日出勤作業人員名單，且申請下船之船員於作業完成後，應立即回船不得於碼頭逗留等各項防疫作為。
港務公司遵循中央流行疫情指揮中心於110年5月11日宣布自即日起至6月8日提生疫情警戒標準至第二級，除立即強化各港防疫措施外，並要求執行「各項會議、教育訓練停止或採取視訊方式或延後」、「員工居家、分區辦公之整備」、「如何提升員工疫苗接種率」、「強化防疫緊急應變(通報、連絡、處理)」、「隨機無預警督導訪查各港執行防疫情形」等各項強化防疫措施。
另公司所轄「基隆分公司、臺中分公司、高雄分公司、花蓮分公司及臺灣港務港勤公司等，亦同步邀集港區相關業者，完成各港疫情警戒標準及應有之防疫作為。
持續推動綠色港口4大減碳措施
高雄港務分公司為推動綠色港口政策，持續辦理高雄港4大減碳措施，包含「船舶使用低硫燃油」、「船舶減速」、「擴大岸電設施使用」及「維護提升空氣品質」等具體措施。
國際海事組織(IMO)規定，自2020年1月1日起實施國際航線船舶應採用含硫量0.5%以下低硫燃油燃料，高雄港提前於2018年2月起依船舶噸位實施低硫燃油獎勵措施，並於2019年1月1日起實施國際航線船舶硫含量管制措施，進港船舶必須使用低硫油品，航港局依據國際海事組織(IMO)「船舶使用低硫燃油查核程序」，執行船舶抽查作業，實施迄今成效良好。
高雄港107年度與行政院環境保護署共同推動「船舶進出港減速補助計畫」，10,000總噸以上貨櫃輪及國際郵輪於港區範圍20浬內減速至12節以下，任一艘次符合減速條件者，每艘次補助4,000元，以提升整體船舶進出港減速達成率。後續並持續宣導國際商港區域範圍(3或5浬內)及港區範圍外至20浬內的進、出港船舶配合減速至12節以下，107~109年符合減速船舶約3萬多艘次，減碳量高達20萬噸。
因應綠色港口之發展趨勢，高雄港務分公司除自有港勤工作船舶已全數使用低壓岸電外，並與行政院環境保護署合作辦理「岸電使用提升計畫」，積極爭取行政院環境保護署岸電使用補助，港務公司即辦理岸電接/拔電勞務委外案，鼓勵航商提升岸電使用率。
加強港區裝卸作業環境宣導，並不定期會同航港局及地方政府環保局辦理港區聯合稽查工作，提升港區空氣品質。創造美好空氣品質是全民共同的責任，港務公司將持續營造健康的綠港環境。
