說得直白一點，商業醫療險充其量只是寄生在健保上的生意手段。而且契約內容，是以健保既有的保障為前提，也就是以簽約當時的醫療體制為基準。因此，健保制度若有所改變，契約中原有的保戶權益，很可能也會受到影響。
其中，風險最高的就是「住院給付金」。這個制度主打住院一天可領取5千到1萬日圓的保險金，可說是商業醫療險的一大賣點。但是，羊毛出在羊身上，這些給付金終究來自保戶每個月所支付的保費。更重要的是，無論罹患什麼疾病，只要沒有住院就領不到保險金，這不禁令人重新思考購買醫療險的必要性。（按：臺灣住院保險金分日額給付及實支實付，金額從2,000到7,000元不等。）
為什麼呢？因為自從進入21世紀之後，幾乎所有疾病的住院天數都有大幅減少的趨勢。（按：臺灣平均為11.1天，糖尿病、心肌梗塞等重大疾病，也只有9至13天）
根據日本厚生勞動省統計，於一九九九年，各大醫院的平均住院天數是四十一．八天，這個數字到了二○一四年已縮減至三十三．二天。
不過這項數據，也包括精神病房以及療養病房。在罹患精神疾病的患者當中，不少人是以年為單位長期住院。此外，療養病房也被稱作「社會性住院」（按：指出院後缺乏家人照顧，需依靠長照制度等社會福利政策），一些乏人照料的患者長期臥病在床，在醫院去世的例子也不在少數。這類較極端的長期住院患者，都會拉高平均住院天數。
其他像是心臟病、癌症、腦中風等疾病，大多會被分配到一般病房，一般病房的平均住院天數，在一九九九年是三十．八天。
以住院給付金一天可領取五千日圓來算的話，在一九九九年平均可以領到十五至十六萬日圓的保險金。但到了二○一六年，一般病房的平均住院天數，已經減少為十六．二天，如此一來，住院給付金也就只有八萬日圓，幾乎只有原先的一半。
而且，平均住院天數未來會繼續減少。為了縮減不斷膨脹的全民醫療費用，政府正積極推廣減少病患的住院天數及不需要的門診。說得更簡單一點，就是希望能透過住院天數的減少，提高病房的迴轉率，進而增加醫院營收。
也正因如此，部分症狀較輕的患者，院方就會盡量避免安排住院，轉而引導病患擇日回診，或是以居家醫療的方式進行治療。即使是需要動手術的患者，也會盡量以回診的方式來進行術前檢查等步驟。在這些情況下，不用住院，也就等於領不到醫療險的住院給付金。
影響這項政策的最大要素之一，就是新設立的「長照醫療院一體系」。
這是在二○一八年四月，同時修改診療、看護報酬制度所設立的長照險設施，同時具備「醫療」、「長照」、「居住」三大機能。到了二○一八年十二月底，目前全國共有一百一十三家設施，備有七千四百一十四張病床（按：類似臺灣的長照2.0）。
