更棘手的是宗教議題。耶路撒冷的阿克沙清真寺（Al-Aqsa Mosque，遠寺）與岩石圓頂清真寺（Dome of the Rock），是伊斯蘭教僅次於麥加（Mecca）與麥地那（Medina）的聖地；但當地也是猶太教徒心目中至高無上的「聖殿山」（Temple Mount）、所羅門聖殿（Solomon's Temple）的遺址。巴人與以色列人因為這座聖地，數十年來爆發多次大規模衝突。
目前聖殿山主要仍是穆斯林祈禱膜拜的場所，今年9月中旬猶太新年（Rosh Hashanah）期間，耶路撒冷開始謠傳以色列政府準備接管聖殿山，巴人不滿情緒開始高漲。10月1日，巴人激進組織哈瑪斯（Hamas）成員侵入約旦河西岸（West Bank）一處猶太人屯墾區的民宅，在一對夫婦的兒女面前將他們射殺，衝突從此一發不可收拾。
以色列政府堅決否認有改變聖殿山現狀的計劃，並譴責有心人士企圖煽動反以色列情緒。巴人方面則指出，最近一波衝突的真正原因是巴人獨立建國之路一再遭到以色列阻撓，年輕世代對以色列的長期佔領已經忍無可忍，而且以色列政府的鐵腕鎮壓只會火上澆油。
目前耶路撒冷風聲鶴唳，市況比以往冷清許多，許多以色列民眾購買槍械彈藥自保，催淚瓦斯彈也賣到斷貨。一家槍械店老闆表示，最近他的生意是平常的4倍，必須限制每位顧客的購買數量；這家店上一回生意如此興隆，是1970年代的事。
去年斡旋以巴和平協議進程失敗的美國國務卿凱瑞（John Kerry），近日將走訪以色列與巴勒斯坦，希望緩解緊張局勢。但美國國務院的說法相當低調，不願意透露他的行程與會談對象，顯然也不抱太高期望。
