依據〈立法院職權行使法〉第70條第5項，似乎是暗示「協商審議權」可修改原審查會的結論，但未具體說明是完全授權性地或有限度性地的修改權。上述的案例中，創造修法版本是否又合於職權？加入其他修正意見是否合於其職權？否決原有委員會決議又是否合於職權？
最近呂秋遠在臉書上專文探討黨團協商，他認為現在的委員會專業度不足，「被架空也是剛好」，「要說政黨協商架空委員會，不如說現在的委員會有沒有值得尊敬的地方」，「為什麼輕易的就可以被架空」？
若將問題歸咎於個人能力，顯然是完全忽略制度上的爭議，並非委員不夠專業（雖然有些委員真的不夠專業），導致委員會被架空。例如說，社福衛環委員會大概是所有常設委員會中委員流動性最低，委員的平均水準比起其他委員會算高的，還不是照常協商到天荒地老。
黨團協商有多大的權限，牽涉到委員會和黨團協商間到底是什麼關係，卻以從來沒有被釐清。因此，當協商爭議權的界線模糊時，這些本可於委員會達成決議的議案，基於方便或其他未知的原因，移至黨團協商後又逕自修改或擴充，代表的是委員會的功能被侵奪，因為真正的決勝點是在黨團協商，委員會不過是逢場作戲罷了。這樣是否是當初制度設計所要的結果？
2015年初的蘇清泉版漁業法修正案，因過往多數漁船主未替外籍漁工加保健保，為了讓雇主們免受懲罰將其修法除罪化，備受人權上的爭議。該案原本僅一讀付委的狀態，之所以可在一天火速內三讀通過，關鍵在於透過黨團協商，繞過原本逕付二讀需連署與表決的議事程序。
就現有黨團協商的職權來看，黨團協商應無權力討論議案的逕付二讀。若就實際議事需要而言，當有特殊亟待快速處理的議案時，協商逕付二讀不失為增進效率之機制。但當法規缺乏規範，朝野黨團又為貪圖方便，讓黨團協商調動議案程序變得相當頻繁時，正是黨團協商擴權的開始。
儘管黨團協商的結論送至院會後，若有8個立委以上連署，院會可就的異議部分表決，只是這樣行為幾乎代表公然和所有黨團，甚至是和號稱沒有敵人的王院長對抗，故實際上也很少看到表決黨團協商結論。違法擴權的協商結論，便可在保護傘下持續進行。
朝野協商還是黨團協商？
立法院朝野政黨之間，無論是意識形態間的對立，或著純為黨同伐異，議事上的衝突極為正常，自然少不了以協商機制保持立法院得以順暢運作。但面臨到重大爭議的政治性事件時，協商制度的擴權更展露無遺。
暑假期間導致學生夜宿教育部的課綱微調事件，假設要讓已經公佈實施的微調課綱暫緩或廢除並產生正式效力，屬於法規命令的課綱，除了教育部依照〈行政程序法〉廢止或停止適用外；只能按照〈中央法規標準法〉及〈立法院職權行使法〉，教育部有義務要將課綱送立法院，立法院則有權通知教育部更正或廢止。
