柯市府果然有效率，就任五個月，廉政委員會就大巨蛋案做成調查結論報告，臚列十大爭議點，認定馬市府有圖利、背信、瀆職之嫌，既建議柯市府將全案資料移送特偵組，並就馬市府可能涉及刑責部份，由廉委會向特偵組告發。這個結論用白話文講就是，不管柯市府最後是否將全案資料移送特偵組，廉委會都要「主動告發」，不論這個廉委會究竟算是外聘顧問職？還是無組織法源的黑機關，一經「告發」，特偵組都得查下去。
想像得到，清廉自許的馬總統，在卸任前碰上這等倒楣事，心情必然鬱卒；再鬱卒，也比不上卸任後，不可免的得承受三天兩頭跑特偵組或跑法院的困擾。
從柯市府公布的調查報告中所列舉的「疑點」，都是從北市府的公文中得出的結論，是否達到所謂弊案，需要更專業的判準，不能一言定之。從常識上說，有哪個笨公務員會在公文中留下貪污圖利的證據或痕跡，以待後人追擊之？果若如此，那真坐實了馬英九果然其笨如豬。
在廉委會的報告中，指陳馬英九顛覆行政程序，親自會見遠雄董事長趙藤雄，研商事情，不合常情；不過，三創爭議，也是在柯文哲親訪三創和郭守正談完後拍板「落幕」，這合乎常情嗎？調查報告又說，馬英九掌握甄審委員會的十個名額，「足以通過任何議案」。則同理可證，柯市府的廉委會有哪一個不是柯文哲拍板聘任，那個是否也「足以通過任何結論報告」？就這點而言，難免落入前北市財政局長李述德的不平之言：「廉委會不要當柯文哲打手」。
不過，僅以此認定廉委會當打手，又未免小看了廉委會的自主判斷能力。這裡頭還牽涉大巨蛋案的時空背景，在那個向民營化、BOT看齊的年代裡，一個基本精神就是把大政府的角色縮小，讓民間企業以公司治理的方式經營公共工程或計畫，以提昇其效率，並減輕政府的財務負擔；很遺憾，台灣的土壤似乎並不適合這樣的模式，從高鐵以降，幾乎沒有一件BOT案有好下場，無一件不是承包企業與政府翻臉相向，高鐵如此，大巨蛋亦難免。
當年馬市府與遠雄議約，吵到幾乎要廢標，遠雄甚至三度向扁政府的工程會指控，還向高等行政法院申請假處分，阻止馬市府重新招標，工程會三度撤銷馬市府廢標決議，並因此遭到監察院糾正，指工程會「濫權違失」，造成馬市府「別無駁准空間」。
時空情境變化，如果柯市府廉委會將全案移送特偵組同時，又移送監察院建請彈劾，那此案真稱得上是官場諷刺劇了。廉委會又稱，此案，馬英九有行政及政治責任，依據憲法增修條文，應移請立法院審議是否予以彈劾，換言之，廉委會調查的台北市大巨蛋案，想得卻是彈劾「總統」，顯是項莊舞劍，不論移送特偵組和監察院或主動告發的結果如何，借巨蛋以辱馬的作用，多少已經發揮了。 （相關報導： 大巨蛋案》廉委：馬英九涉犯貪污最輕7年 圖利最輕5年刑期 ｜ 更多文章 ）
大巨蛋案，能否成為弊案？就廉委會的調查報告，沒有硬套上「貪汙」，僅以背信、圖利、瀆職建請移送，馬英九個人的廉字招牌，尚未被完全摧毀，但廉委會卻以律師之言，指陳若「法官認定」涉貪汙則刑期多少云云，多少有藉機一吐胸中惡馬之氣的意思，或許也未必因而氣平，不過，馬英九從此刻開始，就得做好跑特偵組與法院的準備，他大概沒想到自己在市長卸任前與總統卸任前，都得籌組龐大的律師團以應戰，這，就是政治的代價。
