記者進一步問他：「為什麼台灣會有這麼嚴重的國家認同問題？」他很精闢的分析：
過去日本人先有計畫地用皇民化教育來抹去認同中國的道德感情。日本人走後，兩蔣又基於國共內戰之需，一方面為醜化中共而連帶傷及對整體中國的感情，一方面又不惜引入外力(從整體中國立場來看)，出讓了局部的大自由(國家主權)給美國。現在，則美、日還想繼續控制台灣，將其歷史觀、價值觀灌輸給台灣，並藉台灣干涉中國內政。台灣唯美國人馬首是瞻，有形無形都受控於美國，等於是變相的殖民地，根本沒什麼大自由；而在民粹炒作之下小自由又如此混亂。
穩定政權的治理能力
從2001年起，他帶領「佛門弟子」，開始從事「亞洲民主動態調查」，朱雲漢教授是這項研究計畫的主持人，也是他最重要的得力助手。2007牟之後，這個研究擴展到東亞14個國家與地區，探討公民政治和行為的變遷。五四時期，中國知識分子普遍認為：「民主」是可以救中國的兩尊洋菩薩之一，但是長期實徵研究的結果卻一再顯示：中國大陸民眾對其政治體制的滿意度和支持度都相當高。這個穩定的現象迫使他們必須深入探究其中緣由。
這個問題跟日裔美籍政治學者法蘭西斯·福山(Francis Fukuyama)的理論轉向十分類似。1990年代，前蘇聯及東歐共產國家崩解之後，他出版了一本名著，叫《歷史的終結》(The End of History)(Fukuyama,1992)，認為：二戰後東、西二元對立的冷戰局勢，已經走到了歷史的終結，從此之後，全世界都將走向資本主義體制。
可是，他很快地就發現：這種主張跟世界發展的方向並不相符，2014，他出版一本題為《政治秩序與政治衰敗》的書，修改他的理論，認為穩定政權的治理能力取決於三項要件：(1)強大的現代化國家；(2)依法治國；(3)政府問責的能力，能夠使人民產生信心。
高思在雲
朱教授不僅研究東亞國家的政治體制，他對西方「自由主義」的異化，也有很精闢的見解。冷戰時期，西方國家為了對抗共產主義的擴張，大多施行夾雜著社會福利政策的「鑲嵌式自由主義」(imbedded liberalism)。1980年代之後，美國雷根總統和英國柴契爾夫人大力推行「新自由主義」(neo-liberalism)，卻使西方世界逐步陷入危機。而美國「國防/軍工/國會」三合一的複合體是導致其政治衰敗的主要緣由。2015年，他出版「高思在雲：一個知識分子對於二十一世紀的反思」，很坦誠地說出他的見解。
