陳太被削權的最直接原因，是港大民調風波。據聞特首辦高級特別助理路祥安向港大校長、副校長施壓曝光後，陳太曾向董建華建言：立即辭退路祥安，讓事情了結。董不聽。結果港大成立調查小組，導致對董的極重打擊，使董的民望跌至最低點。
陳太辭職後，曾蔭權接任政務司司長。不久，董任滿第一屆，要再選第二屆時，民調支持他連任的只有一成六。但在800名有資格提名和投票的選舉委員會中，董建華取得700個提名票。於是，董自動當選第二屆特首。國際媒體多認為這表明董建華已經百分百是中共的傀儡了。
在第二屆選舉前，董建華提出了「高官問責制」的改革方案，也就是從原來由公務員擔任各政策局首長的制度，改為「三司十一局」全部由特首作政治任命、並向特首負責的制度。三司，即政務司、財政司、律政司，其中特別是政務司司長，原來基本上由他統率各政策局，現在改全部由特首統率。也就是說，實現了江澤民所提出的，特首「也是特區政府首長」的目標。
原來各政策局的公務員首長，從此改換名稱為各政策局的「常務秘書長」，受特首所任命的局長支配，只有執行局長命令的義務，沒有參與決策的權力。
董建華擁有所有權力，等於十隻手指按住十隻跳蚤。跳蚤動不得，手指也不能動。每天應付各個局的事務，向各個局發指令，疲於奔命，卻無暇去思考一些應該認真考慮的大政方針問題。政務司司長曾蔭權，不但無權去統領各個政策局，而且在2003年沙士（SARS)疫情之後，老董竟要他去負責全城的清潔工作。當時，被市民戲稱為「清潔大隊長」。
連政務司司長都要去做「清潔大隊長」，各司局長就自然不會像以前那樣，自己按法例去做決策或協調了。一切權力歸於董建華。
他終於在日常事務的忙碌中，犯了中共的大忌，於第二屆中途的2005年「被辭職」下台。
下台的原因有種種揣測。我在下文會談談我的觀察。但總而言之，向特首一人負責的高官問責制，就把百多年依法任事，即「法的統治」的精英管理埋葬了。
董建華辭職文稿中一句是：「我鞠躬盡瘁，從未敢有一日懈怠。」
讀中國歷史，見盡數十年中國的政治變遷，我最怕見到掌權者的「鞠躬盡瘁」。在法治社會，掌權者毋須「鞠躬盡瘁」，職務告終，就按規定退出舞台，過平常生活。人治社會的掌權者才老要強調鞠躬盡瘁。他要立功業而盡瘁，老百姓也要跟著被折騰盡瘁。
彭定康任滿翩然而去，第一任特首未任滿就說鞠躬盡瘁。這就是在「一國」支配下，法治向人治的變遷。
失敗者回憶錄164：董建華下台之謎（上）
引言：他想不到的是，這個原來出自中共白紙黑字的承諾，當真正要實行時，卻觸犯中共的大忌。
