台灣疫情出現重大危機，中央流行疫情指揮官陳時中的領導風格，受到包括台北市長柯文哲、新北市長侯友宜在內的重大質疑與挑戰。總統蔡英文13日召開國安會議，她發表會後談話時公開力挺陳時中，說防疫不是陳時中一個人的事。蔡英文並責令行政院負起統籌政府機關與中央地方之責，落實防疫措施、控制疫情。
蔡英文指出，過去一段時間，無論是足跡公布標準、或是進行普篩這些議題上，指揮中心都以高度專業與豐富經驗，證明他們的判斷與處置是正確的。她籲請國人放心，相信指揮中心，不要被錯誤的資訊誤導。
蔡英文特別強調，防疫不是指揮官陳時中一個人的事，也不是指揮中心一個單位的事，政府各部門會互相協調，中央地方也應該相互合作，因為每一個人都是防疫總動員中不可或缺的一員。
蔡英文說，指揮中心前天已經提升疫情警戒等級，疫情是國安事務，防疫等同作戰。蔡英文表示，總統府已責令行政院負起統籌指揮的責任，必須責成及督導中央機關和地方政府，嚴格要求業管範圍及轄區的各場所，務必落實各項防疫措施，有效控制疫情。
此外，蔡英文也要求指揮中心務必儘速掌握這一波疫情感染源，並做好後續追查，逐一檢視所有感染路徑及警示所有可能的接觸者，務必有效防止疫情擴散。蔡英文強調，指揮中心也要公布正確、完整的訊息，來安定社會民心。
蔡英文表示，過去一年多來，因為政府和民間共同的努力，團結防疫，讓台灣可以做到世界各國企盼的如常生活。但她說，最近我們也注意到，大家對防疫的警戒心稍微有些鬆懈，面對全球疫情升高，周邊國家情勢嚴峻、台灣也出現本土感染的此刻，請民眾務必不能鬆懈。
蔡英文表示，希望藉著這一次疫情升高，大家能夠提高警覺，強化各個層面的防疫整備工作，做好每一個環節，才能讓台灣繼續在變化難測的疫情中，持續建立堅固的防疫堡壘。
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