部立醫院前身為署立醫院，署立醫院前身為省立醫院，更甚者，不少省立醫院還是日治時代就存在的百年醫院，部立醫院屹立台灣與守護國人健康的歷史有多悠久，由此可見。走過一世紀，部立醫院的存在就跟此次衛福部立桃園醫院（部桃）在防疫最前線扮演的角色一樣，時而帶來震撼，時而帶給國人極大的感動。然而不可否認的是，身為公立醫院中的公立醫院，部立醫院從人事、設備到營運，一直背負著許多難解的習題。
提到部立醫院，很難讓人不聯想到2011年爆發的「署醫重大弊案」，當時衛生福利部仍稱衛生署，故所屬醫療機構亦稱署立醫院。當時的署立基隆醫院心臟科主任林繼敏被爆收取醫材業者賄賂，全案隨即更有如滾雪球般，牽連到總計24名當時在各家署立醫院任職的醫師，其中甚至還包括8名正、副院長，外加10多名涉案的醫材業者，引發輿論譁然，更重創署立醫院集體形象。
難道在署立醫院當醫師待遇很差嗎？會差到足以誘使部分醫師涉貪收賄嗎？平平都是當醫師，源於自行開業，或是在公立、私立醫院服務，又專長的科別，乃至於醫師個人行醫理念、從業風格等，收入也會差很大；當然，這並不能做為極少數醫師誤入歧途、漠視病人權益的的藉口。當年署醫弊案爆發後，經查罪證確鑿者已鋃鐺入獄，為他們的行為付出代價。
地處偏遠、同工不同酬 部立醫院難比私立醫院
但不可否認的是，部立醫院確實存在不少本質上的問題。曾歷任署立台中醫院及署立台東醫院院長的祝年豐表示，民國80年代或說是健保制度實施前，部立醫院一直是全台規模最大的醫療機構，但隨著近年財團法人及宗教醫院陸續興起，且挾著投資金額豐厚，以及醫院地理位置多為上上之選等優勢；時至今日，國內財團法人等私立醫院的病床數早已是部立醫院的2、3倍以上，營運收入差距也越來越大。
偏偏部立醫院主要使命之一就是服務偏鄉離島等醫療缺乏地區的民眾，影響所及，27家部立醫院至少有3分之2都位在非都會區。以部立台東醫院成功分院為例，至今仍是台東縣長濱鄉、成功鎮、東河鄉等東海岸沿海鄉鎮中唯一的大型綜合醫院；惟同一時間，在該院車程3小時可達範圍內的居民人數，竟然還不到1萬人。這也突顯了對不少部立醫院來說，其設置的重要性與營運困難程度，從來都是一體兩面。
部立醫院難找人 靠公費醫師撐場流動率大
祝年豐說，部立醫院醫事人員原則上分2種，一種是公職人員，或許眼前看來薪水不比在私人醫院當醫師多，但好處是有公務員退休金的保障；但公職人員員額有限，因此各家醫院還須另以約用方式聘任醫事人員，其中又以各科主治醫師為主。
