部立醫院前身為署立醫院，署立醫院前身為省立醫院，更甚者，不少省立醫院還是日治時代就存在的百年醫院，部立醫院屹立台灣與守護國人健康的歷史有多悠久，由此可見。走過一世紀，部立醫院的存在就跟此次衛福部立桃園醫院（部桃）在防疫最前線扮演的角色一樣，時而帶來震撼，時而帶給國人極大的感動。然而不可否認的是，身為公立醫院中的公立醫院，部立醫院從人事、設備到營運，一直背負著許多難解的習題。
提到部立醫院，很難讓人不聯想到2011年爆發的「署醫重大弊案」，當時衛生福利部仍稱衛生署，故所屬醫療機構亦稱署立醫院。當時的署立基隆醫院心臟科主任林繼敏被爆收取醫材業者賄賂，全案隨即更有如滾雪球般，牽連到總計24名當時在各家署立醫院任職的醫師，其中甚至還包括8名正、副院長，外加10多名涉案的醫材業者，引發輿論譁然，更重創署立醫院集體形象。
難道在署立醫院當醫師待遇很差嗎？會差到足以誘使部分醫師涉貪收賄嗎？平平都是當醫師，源於自行開業，或是在公立、私立醫院服務，又專長的科別，乃至於醫師個人行醫理念、從業風格等，收入也會差很大；當然，這並不能做為極少數醫師誤入歧途、漠視病人權益的的藉口。當年署醫弊案爆發後，經查罪證確鑿者已鋃鐺入獄，為他們的行為付出代價。
地處偏遠、同工不同酬 部立醫院難比私立醫院
但不可否認的是，部立醫院確實存在不少本質上的問題。曾歷任署立台中醫院及署立台東醫院院長的祝年豐表示，民國80年代或說是健保制度實施前，部立醫院一直是全台規模最大的醫療機構，但隨著近年財團法人及宗教醫院陸續興起，且挾著投資金額豐厚，以及醫院地理位置多為上上之選等優勢；時至今日，國內財團法人等私立醫院的病床數早已是部立醫院的2、3倍以上，營運收入差距也越來越大。
偏偏部立醫院主要使命之一就是服務偏鄉離島等醫療缺乏地區的民眾，影響所及，27家部立醫院至少有3分之2都位在非都會區。以部立台東醫院成功分院為例，至今仍是台東縣長濱鄉、成功鎮、東河鄉等東海岸沿海鄉鎮中唯一的大型綜合醫院；惟同一時間，在該院車程3小時可達範圍內的居民人數，竟然還不到1萬人。這也突顯了對不少部立醫院來說，其設置的重要性與營運困難程度，從來都是一體兩面。
部立醫院難找人 靠公費醫師撐場流動率大
祝年豐說，部立醫院醫事人員原則上分2種，一種是公職人員，或許眼前看來薪水不比在私人醫院當醫師多，但好處是有公務員退休金的保障；但公職人員員額有限，因此各家醫院還須另以約用方式聘任醫事人員，其中又以各科主治醫師為主。
然位在偏鄉離島的部立醫院，還是經常招募不到特定科別的主治醫師，此時只好徵用公費醫師；影響所及，許多偏鄉部立醫院主治醫師中，至少有3分之1到5分之1都是公費醫師，不但人事流動率高，也是部立醫院醫師常有同工不同酬現象的主因。
所謂公費醫師的身分，其實是在醫學院招生選填志願時就決定的。早年清寒子弟想學醫又擔心學費沒有著落，就會選擇報考公費生，這樣一來念醫學院的學費不但全由國家出，每個月還能領到約3500元的零用金。「但欠國家的，是要還的！」
因此，公費生在畢業並升任主治醫師能夠獨當一面之後，都須接受衛生福利部的公費醫師分發，且被指服務的醫院，經常都是位在偏鄉離島的部立醫院；其中除了到金門、澎湖等離島醫院服務有「1年可抵2年」的優惠，多數公費醫師服務年限往往長達6到10年。
醫師的天職不就是懸壼濟世嗎？而到醫療最缺乏的偏鄉離島服務，難道不是披上白袍者最能展現其崇高理想與價值的選擇嗎？但對於部分年輕公費醫師來說，當初他們選填醫學院公費生的理由，純粹只是大學指考不小心少考了1、2分，在無法錄取醫學院自費生，又實在不甘心浪費1年重考的情況下，不得不姑且念之。
「對我來說，成為醫學院公費生是我這輩子最愚蠢也最後悔的決定。」一名曾被分發至高雄市部立旗山醫院的年輕外科公費醫師就私下分享說，多數公費醫師都須在升任主治醫師後立刻接受分發至偏鄉離島服務，對一名雄心萬丈的年輕外科醫師來說，這意味著未來幾年內可能再無大刀可開，專業面臨停滯甚至退步；此外，還必須承受與家人分隔兩地，期間個人薪資因醫院營運蕭條銳減等問題，代價實在太大了。
公費制度恐影響偏鄉醫療品質？祝年豐籲主管機關應大刀改革
祝年豐說，隨著時代變遷，相當比例年輕一輩醫師對於醫師角色定位以及自身職涯規劃的想法，有很大的變化，作為前輩醫師，只有表達尊重。然而，這也意味著，僅以大學指考分數做為錄取醫學院公費生，乃至於未來公費醫師養成對象標準的機制，恐怕已不合時宜了。
祝年豐呼籲，教育部、衛福部等中央主管機關必須痛定思痛，針對現行公費醫師制度「養不合訓、訓不能用、用不想留」等諸多問題進行大刀闊斧的改革，否則，部立醫院乃至於偏鄉離島醫療品質的提升，終將淪為空中樓閣。
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