日本的第三波疫情在進入11月後再次攀上高峰，幾乎每天都有超過兩千人確診（10月份的單日確診幾乎都在800人之下）。為了防堵疫情擴散，日本政府14日終於決定暫停「Go to Travel」旅遊補助計畫，對已經接受預約的商家將給予旅行費用50%的賠償。不過北海道醫師會長長瀬清14日表示，國民健康當然比經濟發展重要，此時才決定暫停「Go to Travel」補助已經是太遲了。
日本的新冠疫情從12月9日起屢創單日確診新高，12日更是一舉衝破三千人（3039人）。雖然13日之後確診人數稍見下降，但新冠疫情的專家會議提出建言，希望將疫情嚴重地區排除在「Go to Travel」的國內旅遊補助之外，在野黨與地方政府則批評菅義偉領導的中央政府無所作為，第三波疫情的擴大根本是人禍。日本政府14日傍晚終於決定，「Go to Travel」從12月28日到1月11日全國一致暫停，札幌、東京、大阪、名古屋即日起到27日暫停。
國土交通大臣赤羽一嘉15日在閣議後的記者會指出，「Go to Travel」的暫停期間，國家對於旅行預約遭到取消的商家補助從35%提高到50%，單件上限為兩萬日幣。赤羽一嘉深知在新年假期的關鍵時刻停止補助，對於日本經濟恐將造成衝擊，他也呼籲業者在遏止疫情擴散的關鍵時期同體時艱，政府也會在各地的運輸局設置諮商窗口，提供資金洽談與雇用支援業務。
立憲民主黨代表枝野幸男則批評，在野陣營批評「Go to Travel」政策已經超過一個月，政府卻始終無所作為，才會讓日本目前的疫情陷入惡化。等到攸關店家重要生意的新年假期，政府的緊急措施這才姍姍來遲，這無異對旅遊與餐飲業帶來了更沉重的打擊。枝野直言這根本是政府的失策，強烈要求政府拿出補償對策。《日本經濟新聞》指出，菅義偉一直想在經濟與防疫之間取得平衡，但上個星期的疫情失控，才讓菅義偉痛下決心暫停「Go to Travel」補助。
《日本經濟新聞》稱，日本政府對於11月開始的第三波疫情始終沒有提出積極對策，幾天前在節目中被問及暫停「Go to Travel」的問題時，菅義偉還回答「目前尚未考慮」。菅義偉在11月下旬喊出的「勝負的3週間」、以餐飲業縮短營業時間為主的對策顯然沒有效果。12月12日出現單日破三千人確診，更讓專家會議警告「感染地區可能擴大，必須提出有效防疫對策」；加上菅義偉內閣的支持率跌落到40%的新低（比11月的高點下降了17%），《每日新聞》12日的民調顯示，有六成受訪者對政府的新冠對策感到不滿。
面對疫情惡化與支持率下降的雙重打擊，菅義偉14日晚間在首相官邸才終於做出決斷，甚至將「Go to Travel」補助的暫停區域擴大到全國。菅義偉之所以不願放棄旅遊補助，一來是因為今年7月他以官房長官身份跟安倍晉三首相合作的緊急事態，當時就是採取經濟與防疫兼顧的做法；二來菅義偉今年在自民黨總裁選舉中高唱「兼顧經濟的防疫對策」，同樣得到黨員們的支持。
菅義偉政府這個月才決定將「Go to Travel」延長到明年六月，政府編列1.3兆預算（約合新台幣3517億）補助35%的國內旅遊住宿費、15%的用餐與紀念品消費。《日經》指出，「Go to Travel」對每位旅客的補助上限是2萬日幣，今年7月到11月中旬已有5260萬人享受這項補貼，確實對於經濟活動發揮振興效果。不過第三波疫情的來勢洶洶，讓菅義偉最後還是決定以防疫為重，在旅行與餐飲業最重要的新年假期停止「Go to Travel」補助，甚至呼籲東京、名古屋、大阪和札幌在新年期間應該暫停旅遊活動。
除了暫停旅遊補助之外，包括東京、大阪、札幌、愛知、名古屋、沖繩等地，地方政府也呼籲鬧區的餐飲業縮短營業時間，以免疫情繼續擴散。《每日新聞》與《日經》報導，日本各地的觀光與旅遊者叫苦連天，表示客人已經開始陸續取消預約與訂位，不過醫療人員則抱怨「政府的對策來的太慢了」。日本國內旅遊預約網站HIS表示，該網站因為疫情受創的營業額在今年10月之後漸有起色，不過目前已經陸續出現遊客取消訂單的情況，今年12月與明年1月的成長率恐不如預期。
東京貝爾蒙特酒店（Belmont Hotel）的經理白川方明表示，由於東京的確診數居高不下，其實日本國內的旅客早就避免到東京旅遊。《日經》指出，許多當紅歌手會在貝爾蒙特酒店附近的東京巨蛋舉辦年終演唱會，貝爾蒙特的82間客房都會早早被訂光。今年由於疫情肆虐，演唱會幾乎都改到網路舉行，貝爾蒙特年底的房間僅被訂走三分之一，目前的住房率也只有20%左右。不過隨著「Go to Travel」補助的取消，白川方明說訂房的客人大概也會陸續退掉預訂。
日本放送協會（NHK）指出，受到新冠疫情影響，日本今年2月到12月中旬已經倒閉800間公司。其中以飲食業受到影響最大（126間）、其次是旅館酒店（70間），建設公司也倒掉57間。NHK指出，「Go to Travel」確定在新年期間暫停補助、加上各地要求餐飲業縮短營業時間，日本企業的經營將更為嚴酷。除此之外，NHK也公布了「東京奧運明年是否應該繼續舉行」的最新民調，32%的受訪者認為「應該直接取消」，這也是「中止舉行」的意見首次超過「延期舉行」（27%），認為應該再次延期者則有31%。
由於大阪的新冠患者重症病床使用率持續居高不下（目前為84%），日媒曾警告大阪的醫療系統「已在崩壞邊緣」。大阪15日正式開設「大阪新冠重症中心」，專門收治新冠病毒的重症患者。目前該中心開設大阪市住吉區的大阪急性期・總合醫療中心的空地，共設重症病床30床，連自衛隊都派出醫官增援。大阪府知事吉村洋文14日也表示，大阪居酒屋、卡拉OK店的縮短營業（最晚晚上9時打烊）期間將延長到12月29日，實施區域則從大阪市北區和中央區擴大到全市；吉村洋文也呼籲大阪府民持續「自肅」，避免不必要的外出。
大阪擴大縮短營業時間的邀請地區後，這項沒有強制力的措施將適用於5.3萬家店面（原為2.5萬家）。如果願意配合政府的防疫措施，最多將可拿到76萬日元的「協助金」。東京都政府14日則宣佈，對都內餐廳的縮短營業時間要求將延長到明年的1月11日，希望提供酒類的餐廳與卡拉OK能在晚上10時之前打烊，「協助金」則一律定為100萬日幣。
