一九五九年一月十六日出刊的《自由中國》第二十卷第二期刊登署名「陳懷琪」的讀者投書〈革命軍人為何要以「狗」自居？〉，批評軍中的政治教育，進而引發陳懷琪事件。此一事件之所以發生，除了這篇投書內容觸動國民黨當局的神經外，也與後續現役的陳懷琪聲稱此一投書並非其本人所寫有密切關係。
該投書批評國軍的三民主義講習班，教官不管是上什麼課程，總要先把《自由中國》亂罵一頓，對先前發表「反攻無望」的論調及「破壞領袖」的「荒謬言論」痛加駁斥，「好像今年的三民主義講習班就是專為了要駁斥《自由中國》的『毒素思想』而才開辦的」，班裡的訓導主任還說：「現在我們革命軍人也要以領袖的『走狗』自居。如果有人攻擊我們的領袖，我們就毫不客氣的咬他一口。」
這期《自由中國》出刊後，來自軍情單位及要求澄清不是作者的當事人陳懷琪，分別找上《自由中國》。國家安全局與國防部總政治部請警備總部要查明投書者的身分及動機，抑或是該刊捏造之事實。警備總部則在稍早就來函自由中國社指該期的〈革命軍人為何要以「狗」自居？〉及另一篇署名「老兵」的〈軍人也贊成反對黨〉，「有煽惑軍人怠忽職守的嫌疑，可能是匪諜」，要求自由中國社告知這兩名投書人的真實姓名與住址，自由中國社為保護投書人拒絕告知，並反駁警備總部的指控。
在警備總部發函之後，姓名為陳懷琪的陸軍中校課長，除了在一月三十日到自由中國社說明他沒有寫這篇投書外，還寫了「更正函」，要求刊登在下一期《自由中國》。自由中國社沒有接受陳懷琪中校刊登「更正函」的要求，而在二月十六日出刊的《自由中國》第二十卷第四期的〈給讀者的報告〉中，簡短說明同姓同名的爭議：
現職陸軍工兵基地勤務處製造廠中校行政課長陳懷琪來函，以本刊第二十卷第二期所刊〈革命軍人為何要以「狗」自居？〉之陳懷琪，雖與其同姓同名，但並非一人，特此聲明。
雷震之所以不願刊登更正函，與他對投書真偽的判斷有關，因為他求證後認為這篇投書就是陳懷琪中校寫的。雷震針對投書和「更正函」在日記記載：「我們對過筆跡，兩者完全一樣」。傅正在回憶時，還進一步說明：自由中國社曾將陳懷琪原投書和更正函送請美軍某單位鑑定，經核對結果，儘管其中有故意改換筆跡之處，仍可推斷是出於一人之手，但美軍單位深恐引起不必要困擾，不願出證明。自由中國社則將兩者照相製版，準備到最後不得已時提出，為社方的處理方式辯護。事後，也有人來找雷震，說他有證據指出投書確實是陳懷琪中校寫的。
不過，這樣的處理方式，陳懷琪中校並不滿意。二月十六日雜誌剛出刊，他立刻到自由中國社表達抗議。當時由編輯傅正出面接待，傅正向他表示，聲明重點是兩個陳懷琪並非同一人，至於其他內容與此聲明無關，毋須刊登他寫的「更正函」。 （相關報導： 黨外人士齊反「關中天」 他痛批民進黨淪法西斯主義：比蔣中正還恐怖 ｜ 更多文章 ）
陳懷琪不接受傅正的說明，進而先透過大眾傳播媒體，抨擊《自由中國》刊登文章的內容以及後續的處理方式。他為了此事，在二月十八日、十九日的《中央日報》、《台灣新生報》、《聯合報》及《青年戰士報》上連續兩天刊登「陳懷琪警告自由中國雜誌啟事」廣告，抨擊《自由中國》所發表〈革命軍人為何要以「狗」自居？〉一文，「捏造事實，分化團結，用污衊革命軍人之手段，以阿譽貴雜誌之地位」。
