支持指導香港特別行政區行政長官和政府依法施政。行政長官每年向中央政府述職，報告基本法貫徹執行情況等須向中央政府負責的事項，國家領導人就貫徹落實基本法的重大事項對行政長官予以指導。中央政府設立國務院港澳事務辦公室作為國務院處理港澳事務的辦事機構，負責貫徹執行「一國兩制」方針政策和中央的有關指示，承擔與香港特別行政區政府的工作聯繫等職責；設立中央人民政府駐香港特別行政區聯絡辦公室作為中央政府駐港機構，履行聯繫外交部駐港特派員公署和香港駐軍、促進香港與內地各領域的交流與合作、聯繫香港社會各界人士、處理有關涉台事務等職責。
負責管理與香港特別行政區有關的外交事務。第一，支持香港特別行政區積極開展對外交往與合作。支持和協助香港以適當身份參與國際組織和國際會議。協助香港申辦各類重要國際會議，支持香港發展國際會展中心、區域法律服務和糾紛解決中心。支持推薦香港人士到國際組織任職，支持香港特別行政區護照在其他國家和地區獲得免簽待遇，支持香港特別行政區政府駐外經貿辦事處開展工作。第二，妥善處理國際條約在香港特別行政區的適用等條約法律問題。辦理香港新適用的多邊條約及修正案超過170項。授權香港對外締結投資保護、民航、稅收、司法協助類協定338項。協助香港接受國際公約履約審議。支持香港在經濟、貿易、金融、航運、通訊、旅遊、文化、體育等領域以「中國香港」的名義單獨同世界各國、各地區及有關國際組織保持和發展關係，簽訂和履行有關協議。授權和協助香港對外開展司法合作。第三，審批外國在香港特別行政區設立領事機構或其他官方、半官方機構。目前，外國在香港協議設立的總領事館達66個、名譽領事73位。第四，全力維護香港同胞在海外的安全與合法權益，積極開展涉港領事保護工作。據不完全統計，截至2013年底，中國駐外使領館共處理萬餘起涉港領保案。第五，防範和遏制外部勢力干預香港事務。香港事務是中國內政，針對個別國家的干預言行，中央政府及時通過外交渠道進行交涉。外交部在香港特別行政區設立特派員公署，處理外交事務。
負責管理香港特別行政區的防務。經中央決定並於1996年1月組建中國人民解放軍駐香港部隊。1996年12月30日，第八屆全國人大常委會第二十三次會議通過《中華人民共和國香港特別行政區駐軍法》。1997年7月1日零時，香港駐軍進駐香港，依法履行防備和抵抗侵略、保衛香港特別行政區的安全，擔負防衛勤務，管理軍事設施，承辦有關的涉外軍事事宜等防務職責。香港駐軍堅持依法駐軍、依法治軍，認真完成各項防務任務，組織海空巡邏、海空難搜救演習、諸軍兵種聯合演習、跨營區機動演練等軍事行動，為維護國家主權和領土完整提供了有力保障。香港駐軍還踴躍參加香港社會公益活動，開展軍營開放、舉辦香港青少年軍事夏令營等活動，加強軍地互訪聯繫，增進香港駐軍與香港居民的相互瞭解和信任，充分展現了威武之師、文明之師的良好形象。
