成大法律系教授李佳玟指出，國是委員對檢察體系提出改革，是來自「我們對於檢察官的期待」，期待檢察官能打擊犯罪，因此賦予檢察官權力，這個權力如無法適當控制，檢察官會侵害人民權益，政治異議者會成為被打擊的對象、連執政者都會畏懼檢察官；她以聲押太陽花學運學生魏揚的檢察官獲得升官為例指出，現行對檢察官的監督體制不管用，必須積極推動檢察體系的改革。
李佳玟說：法務部也有提出改革方案，但「魔鬼藏在細節內」
李佳玟說，法務部也有提出改革方案，但「魔鬼藏在細節內」，例如，法務部支持濫權起訴者可被內部監督，但堅決反對濫權不起訴者被監督；又如，法務部也主張引進日本的人民檢審會，監督檢察官的行政簽結與不起訴，但國是委員提議檢審會應有比較多的調查權，法務部卻反對；此外，法務部同意人事制度改革，卻只願意讓一審檢察官票選，對於檢察長的任命，法務部毫無作為。
東吳大學張佛泉人權研究中心人權學程主任陳瑤華說，審檢分立對司改非常重要，第4分組達成審、檢分訓的決議，司法院的改革方案不提這個原則，法務部的改革方案僅表示要逐步減少合訓，沒有確立分訓的原則，希望總統重視。
成大政治系教授王金壽指出，這次通過的訴訟制度金字塔化在1999年司改國是會議就已通過，至今仍躺立法院，總統獲得689萬選票，受人民付託，國是會議的決議要如何推動，「你要做決定」；他希望總統運用她的政治魅力和政治資本，說服立法院，不要重蹈1999年的覆轍，「到時候要負責的是蔡總統你」。
林孟皇：司改涉及5院職權，總統應定期召開院際協調會
高等法院法官林孟皇指出，台灣自民主轉型後，在1988年11月、1994年10月、1999年7月、2011年間召開過類似的司法改革會議，但成效始終不彰，原因包括：1、司法院、法務部各掌部分司法行政權，是舉世無雙的「雙元司法行政系統」，因機關本位、權限競逐，百餘年來始終存在院、部之爭、2、司改議題涉及立法、行政、司法、考試、監察等5院職權，不是單憑司法院、法務部即可達成、3、台灣歷經長期威權統治，卻未曾戮力推動轉型正義，許多國人對法律或司法功能有錯誤認知，影響執法人員對自身角色的期待，而台灣是法律繼受國家，承受不同留學國的法制背景，法律人也有本位主義。
林孟皇指出，這些原因在在說明，如果沒有政治力奧援、社會輿論支持，台灣的司改是困難重重的，而由於司改涉及5院的職權，總統是會商解決機關爭執的憲政機制樞紐，只有以總統的高度，透過《憲法》第44條的權限爭議處理權，協調統合相關權力政府部門推動司改，才可以竟全功。
林孟皇說，總結會議應規劃如何落實決議，如何追蹤與考評進度，同時，總統應「定期的召開院際協調會」，並基於權責相符原則，到立法院進行國情報告，掃除可能的司改阻礙，才有機會建構真正服膺人權保障、憲政民主的司法。
