總統蔡英文12日全程主持司法改革國是會議的總結會議，推動檢察體系改革的許多國是委員向蔡直言，法務部的改革方案並沒有如實反映分組會議的決議，包括檢察官的定位、法官與檢察官評鑑的問題等；他們呼籲蔡要注意，「魔鬼藏在細節裡」、「不要被院部（司法院、法務部）牽著鼻子走」，如果官員把檢察官群體的利益放在社會利益前面，她主導改革的決心和誠意將受到懷疑。此外，也有委員建議蔡，依《憲法》第44條的權限，定期召開司改的院際協調會。
主張「彰顯檢察官之司法官屬性」，張娟芬：法務部以立場代換結論
法務部在總結會議上，就國是會議分組會議的決議，提出一份改革方案與期程，其中，關於檢察官的定位，其陳述指出，「為彰顯檢察官之『司法官』屬性」，檢察官不再領取刑事案件辦案獎金，也不再被派任與檢察官無關的行政職。
長期關注檢察官職權行使及審檢分立議題的作家張娟芬、社團法人台灣社會福利總盟秘書長孫一信都對「為彰顯檢察官之『司法官』屬性」這句陳述，提出質疑。孫一信說，對於檢察官的定位，第3分組僅說，「目前檢察官仍具備司法官的屬性」，法務部的說法，明顯是「檢察官定位的保衛戰」。
張娟芬則說，法務部報告中的意思，「好像是我們已經確定檢察官是司法官，且有定論要朝向這個目標」；但第3分組的結論是說，在現行制度，檢察官仍具備「所謂司法官屬性」，這個說法只是「描述」檢察官的定位，沒有認定檢察官是司法官或行政官的價值判斷，且是「有所保留的描述」。
她指出，過去法務部及檢察官全力阻擋改革，是1999年司改國是會議至今，改革沒有進展的原因，而第3分組之所以自開會之始就劍拔弩張，就是因為檢察官定位的討論，當人民在分組會議上，極力穿越各種阻擋，來表示對這個議題的意見，法務部卻在報告中用「微妙的字句差異」，用法務部的立場來「代換結論」，這個「我不能接受」，簡單的說，「我們又被陰了」。
張娟芬：無意與檢察系統為敵，而是要建立公平法院
張娟芬說，他們討論檢察官定位的問題，並不是要與檢察官、檢察系統為敵或對立，而是要「建立公平法院」，長期以來法官與檢察官的角色高度混淆，他們接受同樣的考試訓練，可輪調、可在檢察官及法官論壇互相交流，有無數正式或私下的交流互通，「原告與被告如果不對等，怎麼可能有公平法院？」
律師尤伯祥指出，不只是法務部的報告，司法院提出的改革方案與期程也與各分組會議的決議「有一些距離」，例如第3分組委員突破官方的封鎖，達成法官與檢察官的評鑑將由人民直接申請，而不再需要經過司改會或律師公會過濾的決議，這個決議廣受好評，但都不在於司法院、法務部的改革方案中。
尤伯祥：司法院、法務部受本位主義限制，司改國是會議必須以總統的高度落實
尤伯祥說，這個現象就可以看出司法院、法務部都「受到本位主義的限制」，這也是司改國是會議必須要由總統的高度來落實的意義。
他呼籲蔡英文，絕對要「堅決貫徹司法改革」，外界批評她召集司改國是會議是干預司法，「這絕對不是」，司法是國家權力行使的方式，是政治制度的一環，總統受到人民的付託，從事政治制度的改革，符合人民的期待，不是擴權或干預司法，「請堅定信心」、「不要被院、部（司法院、法務部）牽著鼻子走」。
台南地方法院法官陳欽賢指出，特定團體的利益有時候是跟社會利益衝突的，在司法改革國是會議，最容易有利益衝突的就是檢察官、法官、律師這3個群體，每個團體都會捍衛自己的想法與利益，這也是不同領域團體集會討論的意義與價值，他答應參加國是會議，是想要協助總統落實司法改革的承諾，他也因此「有點在意」這3個團體「是不是只在乎群體利益？」
陳欽賢：完全未看到檢察體系將社會利益放在檢察官利益前
陳欽賢說，就他的參與或聽到的，具法官或律師身份的人，或多或少都有人在某些議題上選擇社會利益，很遺憾的是，「完全沒看到檢察體系的委員把社會利益放檢察官利益前面」，也很意外他們在場外不斷有動作，醜化不同意見的委員。
他說，他同意國是會議是諮詢性質，權責單位可以不同意、不接受、不採納，但是委員用心討論出來的分組會議決議不能「被淡化、或被消失」，看到總統任命的政務官有這樣的態度，「我會懷疑妳主導改革的誠意與決心」，因為這樣的政務官只在乎所屬群體利益，而不是社會利益，世界上沒有什麼社會改革是不會動搖既得利益者的利益的，如果有，就不是人民希望的改革。
陳欽賢說，司改不是法律從業人員的事，在這件事情上，全國人民沒有人是局外人，就像是「我們不懂核能，不代表廢不廢核不會影響我們」，台電也從來不敢講，人民不懂核能，不能討論要不要廢核，「為何法律人敢這樣批評？」
馮賢賢：不能讓檢察官躲在司法官獨立性的帽子下
資深媒體人馮賢賢說，檢察官定位問題非常重要，不能讓檢察官躲在司法官獨立性的帽子下，而造成許多政治迫害案件，檢察官反對改為行政官，很多人私底下說，是為了敘薪、年資和退休金；她希望民進黨在本屆國會任內，推動監督檢察體系的《檢察署組織法》立法，不要讓檢察體系成為無法推動司改的障礙，體制內既得利益的反撲，不應作為改革停滯的藉口，「總統要堅定改革意志」。
律師黃致豪說，蔡總統致詞時提到，改革是政黨輪替最重要的意義，而他想要加上這句，「改革不能只依賴被改革者的善意」，被改革者可能看不到應改革的全貌；他希望總統「不要落入司法院與法務部的本位改革思考中」，而要回到她競選時的9大主張，「這才是拘束總統與人民的承諾」。
成大法律系教授李佳玟指出，國是委員對檢察體系提出改革，是來自「我們對於檢察官的期待」，期待檢察官能打擊犯罪，因此賦予檢察官權力，這個權力如無法適當控制，檢察官會侵害人民權益，政治異議者會成為被打擊的對象、連執政者都會畏懼檢察官；她以聲押太陽花學運學生魏揚的檢察官獲得升官為例指出，現行對檢察官的監督體制不管用，必須積極推動檢察體系的改革。
李佳玟說：法務部也有提出改革方案，但「魔鬼藏在細節內」
李佳玟說，法務部也有提出改革方案，但「魔鬼藏在細節內」，例如，法務部支持濫權起訴者可被內部監督，但堅決反對濫權不起訴者被監督；又如，法務部也主張引進日本的人民檢審會，監督檢察官的行政簽結與不起訴，但國是委員提議檢審會應有比較多的調查權，法務部卻反對；此外，法務部同意人事制度改革，卻只願意讓一審檢察官票選，對於檢察長的任命，法務部毫無作為。
東吳大學張佛泉人權研究中心人權學程主任陳瑤華說，審檢分立對司改非常重要，第4分組達成審、檢分訓的決議，司法院的改革方案不提這個原則，法務部的改革方案僅表示要逐步減少合訓，沒有確立分訓的原則，希望總統重視。
成大政治系教授王金壽指出，這次通過的訴訟制度金字塔化在1999年司改國是會議就已通過，至今仍躺立法院，總統獲得689萬選票，受人民付託，國是會議的決議要如何推動，「你要做決定」；他希望總統運用她的政治魅力和政治資本，說服立法院，不要重蹈1999年的覆轍，「到時候要負責的是蔡總統你」。
林孟皇：司改涉及5院職權，總統應定期召開院際協調會
高等法院法官林孟皇指出，台灣自民主轉型後，在1988年11月、1994年10月、1999年7月、2011年間召開過類似的司法改革會議，但成效始終不彰，原因包括：1、司法院、法務部各掌部分司法行政權，是舉世無雙的「雙元司法行政系統」，因機關本位、權限競逐，百餘年來始終存在院、部之爭、2、司改議題涉及立法、行政、司法、考試、監察等5院職權，不是單憑司法院、法務部即可達成、3、台灣歷經長期威權統治，卻未曾戮力推動轉型正義，許多國人對法律或司法功能有錯誤認知，影響執法人員對自身角色的期待，而台灣是法律繼受國家，承受不同留學國的法制背景，法律人也有本位主義。
林孟皇指出，這些原因在在說明，如果沒有政治力奧援、社會輿論支持，台灣的司改是困難重重的，而由於司改涉及5院的職權，總統是會商解決機關爭執的憲政機制樞紐，只有以總統的高度，透過《憲法》第44條的權限爭議處理權，協調統合相關權力政府部門推動司改，才可以竟全功。
林孟皇說，總結會議應規劃如何落實決議，如何追蹤與考評進度，同時，總統應「定期的召開院際協調會」，並基於權責相符原則，到立法院進行國情報告，掃除可能的司改阻礙，才有機會建構真正服膺人權保障、憲政民主的司法。
