據台企聯說法，其宗旨是增強會員交流，溝通會員與政府部門，反映經營的建議，維護會員合法權益，推動兩岸經濟交流與合作，舉辦社會公益活動，促進兩岸關係和平發展。並接受國台辦與民政部業務指導和監督管理。
丁鯤華強調，台企聯的目標非常單純，一是服務台商，二是匯總各地台協問題，轉達給國台辦，由國台辦協調其他部門，為台商爭取權益。例如向大陸人力資源和社會保障部（人社部）表達對勞動基準法、合理配置「五險一金」的建議；向海關總署提出對關稅的意見；向國務院表達對地方政府取消台商優惠政策的意見等。
然而，相關法規明定台商組織「不得危害國家的統一」、「擔任會長必須遵守一個中國原則」、「台辦是業務主管單位」、「為方便聯繫政府有關部門，台辦人員可擔任台協職務，但不領取報酬」。在兩岸關係越發敏感之下，都被台灣輿論冠上所謂「統戰」疑慮。
丁鯤華直言，各地台協只是地方民間組織，沒有任何行政力量，在行政平級原則下，單靠台協名義，大陸地方政府根本不理會，有台辦人員在台協擔任職務，才能與當地部門對等溝通。
他進一步表示，邀請國台辦主任擔任榮譽會長，是當初台商們規劃章程時設立的，國台辦主任是最瞭解兩岸關係的人，即便離任，也還有運籌帷幄的空間，可確保其台商政策延續，也是台企聯發展的指導。
他說，台企聯還想盡辦法找大陸海關總署、出入境管理部門、公安部等相關單位來當顧問，雖非正式管道，但可以直接聯繫諮詢。「當時有很多前置條件，是現在兩岸人士想像不到的困難」。
兩岸官方冰封下的「介質」
雖說台商不斷強調「不涉政治」，但在兩岸官方政治「不通」的時期，台商組織也確實擔任某種交流介質的角色。
丁鯤華指出，希望成立台企聯的原因之一，就是因為兩岸官方關係冰封。雖然1992年曾出現辜汪會談，兩岸氣氛一度轉好，但1996年李登輝講「戒急用忍」，又遇到飛彈危機，加上2000年陳水扁上台後的「有效管理」，從李登輝到2008年，海基會有十多年雖然存在，卻無法有效服務台商。
他說，這令台商非常頭痛，當時台人赴陸遇到病故、交通意外、證件遺失等急難時，海基會都無法處理，也沒有能力到大陸協助，只得委由台協負責。
上海副會長蔡世明也表示，2000年後，兩岸官方基本就斷了，這種情況下，台灣有些團體到大陸，會藉由台協瞭解大陸情況，大陸相關部門也會透過台協瞭解台灣情況。同時，台人遇到困難，只能透過台協幫忙，協調大陸部門，再通知台灣部門，台協的兩岸交流角色就慢慢凸顯出來。
