林忠山以真正的「台獨教父」形容李登輝，批評他聯合國民黨內的獨台分子和支持台獨的民進黨，讓台灣走向更仇中、反中，而且只親美、日的路線。
林忠山雖然讚許李登輝確有容忍異己聲音的雅量，也真正尊重言論自由，但對於他「用人唯利」，縱容派系和財團形成台灣政壇的「黑金」勢力，給予滿滿的負評。
李登輝於2000年被逼宮下台，代表他在推動國民黨台灣化的路線上，吃下敗陣。
在兩岸關係上的處理上，相對於國民黨人普遍的負評，曾建元倒是以有策略和有遠見來肯定李登輝。
曾建元說，李登輝在處理台灣民主化的過程中，會運用他過去在台共的人脈，例如，他當時他的王牌密使曾永賢等人，穿梭兩岸，來處理中共可能出現的反彈和干預。
陳儀深也說，李登輝在北京關係的處理上，也有一定的規劃和步驟，絕非亂無章法。以1996年台海危機為例，史料顯示，李登輝早就派密使去和北京接觸，因此，雖然情勢緊張，但兩岸還是有默契、維持一定的底線。
務實的特殊國與國關係？
而且，李登輝早在1996年就拋出「戒急用忍」政策，以期阻斷台商產業西進、壯大中國的步調，雖然一度引起爭議和商界的負評，而且最後也以失敗告終，但曾建元說，對照於美國國務卿龐畢歐上週在南加州題為「共產中國和自由世界的未來」之演說，恰巧彰顯出李登輝的遠見。
至於，李登輝在1999年透過《德國之聲》所提出的兩岸「特殊國與國關係」，雖然中國不接受，但曾建元說，那類似東、西德的制度設計其實才是兩岸關係最務實的最大公約數，因為其「一國兩府」的內涵讓台灣對外能務實地擁有國際地位和國際發展空間，這符合台灣人的追求，但對內，台灣和中國基於兩岸特殊的歷史、文化和憲法連結，還維持著「非外交」的關係，這也符合中國的大政綱領。
不過，姚嘉文透露，當年李登輝幕僚對此向民進黨人說服：「一國」是假的，「兩府」才是真的，因為一向主張「兩國兩府」的民進黨是不可能接受一中。
李登輝當年要用「一國兩府」來抵制中共的「一國兩制」，虛虛實實中似乎也顯現，老李這位民主先生在經營國政和兩岸論述上有屬於他那個時代獨到的論述能力、權謀和機鋒。
