不過，邱進益認為，李登輝的本土背景與「日本人心態」，讓他主政十二年多也犯下歷史過失。
邱進益指出，六四天安門事件後，台商正大舉西進，李卻實施「戒急用忍」，致台灣未能搭大陸改革開放的便車，成為經濟遲滯不前的關鍵。他也不敢苟同李登輝在總統選舉前突然拋出特殊兩國論，引發九六年台海危機，也引起國人對他台獨意識的疑慮。
他不諱言，李登輝受日本文化薰陶，對中國問題的看法承襲日本人傳統心態，在《台灣的主張》一書提中國七塊論，認為中國是貪腐的、落後失敗的。李從心底瞧不起中國，基本想法是「我們不可能和中國統一」。
也因日本人心態，李多次提到釣魚台是日本的，讓國人難以接受。前高雄市長吳敦義在選舉時，搭著漁船出海，擬到釣魚台訴求主權，邱進益奉李登輝之命，硬是以電話召回吳敦義。
邱進益觀察，李權力鞏固後，更在意他的歷史定位，他要做中華民族五千年歷史文化的第一個民選總統。在此之前，李開始鋪陳以私人名義訪問美國康乃爾大學之路，希望成為外交史上首位進入美國訪問的台灣現任元首。
扶植在野黨成就兩黨政治
「上述兩件事，我都直言向李總統表達反對。」邱進益說，李登輝透過修憲拍板總統直選，「民主之父」的歷史定位已在，何必再選一任？即使邱表達反對意見，李仍意志堅定地往前衝。
總結李登輝一生，邱進益認為「民主先生」當之無愧。他受命參與聯繫在野黨領袖，希望透過與在野黨的合作，形成重要的改革力量。李是第一位本省籍總統，他也扶植在野黨成就兩黨政治；另一方面，李宣布開放黑名單返台、特赦叛亂犯等，幾乎把在野黨的主要訴求都吸納進來。
