郝柏村在九○年元月於日記中寫下：「自經國先生崩逝，余支持李總統……李並未以經國先生之政策與路線對余，尤其過去一年，縱容台獨，實已危及國本。」
李登輝則在《餘生》中描述，當時擔任八年參謀總長的郝柏村曾說過：「只要有我在，十五年內都不會讓李登輝為所欲為。」心中至感氣憤難平。
李感覺統帥權被郝侵犯
國民黨接著迎來「二月政爭」，主流與非主流檯面下串連對抗，陽明山中山樓風雨欲來風暴中，李、郝兩人雖已「貌合神離」，郝柏村仍選擇支持李登輝成為國民黨總統候選人。兩天後，李、郝長談兩小時，郝亦表明國軍不會介入政爭。
李登輝於三月三十日當選總統。四月底，李告知郝柏村要提名他任行政院長，郝於五月二日中常會前回覆願勉為其難；李還說了一句讓郝很感動的心內話：「心中一百斤的石頭放下了。」
此一震驚中外的閣揆任命案，卻是李欲拔除其軍權的第二步，同時也輕易瓦解非主流陣營勢力。
李登輝接著連續起用陳履安、孫震兩位文人國防部長，以淡化軍人影響力。郝柏村之後三十三個月的閣揆任期，卻因持續與李登輝路線對立、與在野陣營對抗，形成內外夾擊。
郝柏村在行政院長任內多次召開軍事會議，嚴重觸及李登輝統帥權，李私下更直稱其做法違憲。民進黨也對此大加抨擊，於是朝野本土派立委與國大代表聯手逼郝辭職。
閣揆交替李郝各有詮釋
對於這段閣揆「世代交替」歷史，李、郝有不同詮釋。
李登輝稱，郝柏村為了行政院長連任拜訪他，李對郝直言：「我不打算讓你連任，讓年輕世代交替吧！」郝神色大變展開激辯，但李斷然以「總統有任命權」拒絕其留任。
而郝柏村在回憶錄中稱，當時身為行政院長，的確有很多政治鬥爭的資本，但他從未做此打算，且省籍情結與國際觀瞻均對其不利，與《憲法》上的元首對抗，「如此我將成為歷史罪人。」他不想依附於李登輝，執行其路線，才於九三年二月二十七日總辭求去。
李登輝再於九四年底、郝柏村轉任國民黨副主席一年多後，任命與郝因晉升一級上將問題而心結深重的蔣仲苓接任國防部長，不無徹底清掃郝家班勢力的意味。
在李、郝漫長權鬥過程中，還因拉法葉艦採購案的決策過程，讓李登輝認定郝已侵犯統帥權。監察院也曾以「侵犯統帥權」名義，於二○○○年、○一年，兩度對郝柏村發動調查。
李登輝當時已卸任總統，在接受監察院調查小組訪談時，提出震驚各方的「兵變説」指控。他稱，採購拉法葉艦是郝柏村任參謀總長時，與海軍總司令葉昌桐等人的決定，如果他不同意，當時絕對可能兵變。郝柏村則發表嚴正聲明抗議，譴責李登輝先以完全不知，後以畏懼兵變為託辭，完全諉責於部屬，「有這樣的統帥，本人不得不為國軍悲哀！」
兩人權鬥都畏對方如虎
郝柏村提出，一九八九年九月二十七日，曾向李登輝口頭報告獲同意。九○年十二月二十八日，郝以行政院長身分列席第二○四次軍事會談，李更親自裁決定案。他指出：「統帥親自裁決而說不知情，我能說什麼？」
對郝柏村而言，伴君如伴虎；對李登輝而言，則有「虎口餘生」之感。從結果論來看，李籠絡與分化的謀略奏效，但郝對李究竟是真實威脅或只是李的深沉猜疑？如今兩人先後離世，恩怨亦盡歸塵土。
