然而武漢官方自1月3日以後，有整整兩個星期沒有公布新病例，不僅是官方沒有公布，AP獲得的內部文件也顯示中國CDC確實沒收到地方通報。然而事實上1月5日至1月17日，有數百名患者在全國各地的醫院就診，病毒擴散範圍早已超出武漢。
尚不確定是湖北省官員瞞報案件，還是中國CDC刻意不記錄病例。唯一可以確定的是，中國政府在那段時間確實瞞著公眾，私下採取了迅速行動，而1月2日醫師李文亮等8人因「造謠肺炎疫情」被公安逮捕。AP引述專家說法認為，中國嚴格控制信息、長年的官僚主義、以及不願向各級領導層發布壞消息，導致了初期疫情預警失靈。
芝加哥大學（University of Chicago）中國政治專家楊大利（Dali Yang）指出：「武漢的醫生當時害怕極了，這是對整個職業的真正威脅。」武漢的醫生和護士告訴中國媒體，有很多跡象表明，新冠病毒最早在2019年12月下旬就出現人傳人，從未去過華南海鮮市場的患者被感染，第一線醫護人員開始遭到感染。
但是官員阻礙了試圖舉報此類病例的醫務人員，設下嚴格的確認標準，要求患者不僅必須呈陽性，採檢樣本還需要送往北京檢測基因序列。中國媒體報導顯示，湖北當局要求醫院員工須先向主管報告，才能向上級通知信息，也懲戒警告他人新冠肺炎危害的醫生。
沒有醫生的內部通報，沒有通暢的地方政府上報系統，直到1月13日泰國出現武漢肺炎病例，才激起北京當局對疫情的關注，啟動全國範圍的防疫指導。1月27日，武漢市市長周先旺受訪時稱：「披露的不及時，這一點大家要理解，因為它是傳染病，傳染病有傳染病防治法，它必須依法披露。作為地方政府，我獲得這個資訊以後，授權以後，才能披露。」
周先旺的說法被外界解讀為，將疫情通報延誤責任歸咎於上級政府，不過根據中國《傳染病防治法》規定，「傳染病暴發、流行時，國務院衛生行政部門負責向社會公佈傳染病疫情資訊，並可授權省、自治區、直轄市人民政府衛生行政部門向社會公佈本行政區域的傳染病疫情資訊。」周先旺的說法也許只是「實話實說」。
中國專業醫護人員在現實的無奈下，只能盡量未雨綢繆。武漢聯合醫院於1月18日召開緊急會議，指示工作人員採取嚴格的隔離措施，一位匿名公衛專家告訴AP，他1月19日參觀了SARS爆發後修建的醫院，看見醫護人員忙著在整棟建築準備數百張病床，用於收治肺炎患者。他說：「在當時，中國每個傳染病領域的人都知道發生了什麼事，早就預料到了。」
