《財新網》上述報導也指出，文件下發後，有病毒學家透露，中科院武漢病毒所被要求停止病原檢測，銷毀已有樣本。
此外，根據《財新網》報導，從12月30日中科院病毒所拿到病毒樣本並入庫，到進行病毒分離，完成病毒基因測序，分離得到病毒株，直到1月11日將「不明原因的病毒性肺炎」更名為「新型冠狀病毒感染的肺炎」，對外公布病毒基因組序列。但從12月27日第一例基因測序確定新冠病毒，到1月11日對外公布病毒基因組序列，已經過15天。而2019年12月底至今年1月初的那幾天，本應是決定無數人命運的關鍵時刻，但那時候社會大眾對這種病毒竟然渾然不知。
中科院被要求噤聲並銷毀樣本
同在1月3日，中國疾病預防控制中心向美國疾控中心（CDC）通報相關疫情。同是1月3日，武漢市宣布1月6日至10日如期召開人大、政協兩會。由於國家衛健委的三號文下發後，中科院武漢病毒所被要求停止病原檢測，銷毀已有樣本要求銷毀已有樣本，還下令不得擅自對外透露訊息，從而錯失防疫先機。
三號文過去大都網傳只聞樓梯響，尚未出現本尊。《新新聞》取得的「三號文」為黑白影本，字跡仍足以辨識，共有4頁，從白紙黑字就可以看出是官方公文，也就是這份隱匿疫情的重磅紅頭文件，致使疫情一發不可收拾，釀成了全球瘟疫的大災難。
