李宗恩先到達上海，而他要去的地方是北京，因為北京有個「協和」。他這樣說：「我不願依附家庭，希望脫離家庭而獨立。北京的『協和』是當時全國設備最充實的一個醫學校，我認為它適合我個人的志願和興趣……」
1927年初夏，李祖年突然去世，丟下續弦和三個孩子。李宗恩從北方趕回老家。辦完喪事，他建議繼母帶著年幼三個弟妹去北京與他同住。毅然決然地承擔起長子的責任，這給了新寡的繼母極大的安慰。
他靠一生的品行來擁有自己的朋友與至愛。
硝煙
在「協和」從醫從教，李宗恩各方面表現非凡，專業出眾，且具備良好的管理能力。 當時的副院長狄瑞德醫生在備忘錄裡，這樣寫道：「我認為李醫生是內科中國醫生中最有前途的一位。他在臨床和研究方面表現出不同凡響的能力，我相信，他是那種不但在自己的專業上出類拔萃，而且可以影響而帶動其他人。我深知，在『協和』的年輕中國人裡，他是最值得鼓勵和支持的一位。」李宗恩從助教、講師、副教授擢升至襄教授。他以深廣的內科學識、豐富的臨床經驗和誨人不倦的責任感，贏得了學生們的敬佩。1937年，李宗恩由於「在臨床、教學、和研究方面出色的能力」，被中國醫學基金會任命為講師。
1937年7月，日軍炮轟宛平城。也就在7月的第一個星期，國民政府教育部王世傑部長邀請協和醫院的李宗恩、北平護士學校的楊崇瑞校長（協和醫院婦產科專家），武漢大學的湯佩松教授和在南京工作的朱章賡（教育部醫學教育委員會常務委員兼秘書、公共衛生專家）四人，一起討論，決定在武漢大學成立一個醫學院，並指派他們為籌備人。但因華北形勢動盪，會議草草結束，各自回原校分頭籌備。
「八一三」以後，抗戰全面展開。經淞滬血戰，上海淪陷，戰線隨之西移，抗戰形勢趨緊。李宗恩接到通知：教育部決定將正在籌備的武漢大學醫學院改建到更為安全的大西南，成立國立貴陽醫學院，以接納從華北及其他敵佔區退下的醫學院學生。該院的籌建仍由李、湯、楊、朱負責。11月19日，李宗恩離開北京。12月31日，教育部下達聘書，聘請這四位醫學專家為貴陽醫學院籌備委員，李宗恩為籌備委員會主任委員。
經過緊張籌備，1938年3月1日， 國立貴陽醫學院宣告成立，教育部正式聘任李宗恩為院長。校方順利地租賃了別墅、會館以及寺院，經過修繕，6月1日貴陽醫學院正式上課。自籌備委員會成立以來，在漢口、重慶、長沙、西安、貴陽五處設立招生處，共收容戰區退出的失學醫學生及護士助產士學生計三百餘人，他們來自三十餘所院校。學生們年級不同，學業參差不齊，故採取分班教學，實行類似協和的導師制。導師及受導學生的分配，在每學年開始後二周內由訓導處公佈，導師負責受導學生學習、生活之責。這種導師制十分有效，一直延續到1949年。一個學生曾這樣形容在貴醫的讀書生涯：「開辦之初，設備簡陋，沒有甚多的教室，而致解剖學在院子裡上課，把人體骨骼掛在樹枝上講演。一些教室也是臨時搭成的茅屋。下大雨的時候，教室寢室往往變成澤國，沒有自修室，在飯廳裡自修，每人發凳子一張，上實習，上自修，背著凳子到處跑。天晴的時候，還好，一逢下雨，泥濘三尺，真有『行不得也』之苦。一年級宿舍是在山上，離教室有半公里左右。晚間自修完了回去，不但要摸黑路，而且還怕土匪和野獸（山上常鬧豺狼和土匪）。解剖實習的骨骼不夠分配，學生常常跑到山上，挖取野墳的骨骼。在物質條件如此低劣之下，師長們誨人不倦，同學們埋頭苦學。當時幾乎全國知名的教授，均薈集在此，貴陽醫學院聲譽鵲起，遂有『小協和』之稱。」[4]
