臨床是醫學院教學的重要組成。1941年，為了讓貴醫有臨床教育，李宗恩和楊濟時籌集了部分資金，在貴陽市陽明路兩廣會館，因陋就簡，設置十張病床，成立了貴陽醫學院附屬醫院，由楊濟時任院主任。而在此以前，學生的教學實習和臨床實習都有賴於省立醫院。醫學從來都是嚴謹刻板、乃至冰冷的，加之物質匱乏，生活艱苦，為消解學生日常生活裡的冗繁，乾枯與瑣碎，李宗恩居然組建了一支口琴隊！用節省下來的院長辦公的經費，在香港訂購了各型口琴。經過訓練，沒過多久，什麼《比翼鳥》、《雙鷲進行曲》、《漢宮秋月》等樂曲，都不在話下，還定期在貴陽市內公演和電臺播出，且成為貴陽最有名的口琴演奏隊。繼而他又建立了話劇隊、國劇隊。前者，為貴陽市捐獻慰勞籌款公演，自己還參與《叔叔的成功》等劇碼的演出。後者，為勞軍、賑災、募捐等義務也演出多次，劇碼包括《玉春堂》、《武家坡》等。風流盡顯，舊時代一個受教育充分的知識份子在文化上的深度以及個性之飽滿充盈，令人感佩。幾年下來，在西南邊陲，於荒僻之地，李宗恩等一流教授以血水奔流的方式，培養出合格的醫科學生，由是激發出人們在戰爭中拯救生命的熱望。化育人才，弦歌不輟。這所原本不為人知的貴陽醫學院，在硝煙中越發顯得崇高和厚重，引得燕京大學司徒雷登等人也來貴陽參觀。有如一條緩慢的水流因高壓而成為壯觀的噴泉，在戰爭陰暗縫隙中迸射出的一線奪目的光亮！
轉眼到了1944年的冬季，日軍節節西進，由廣西逼近黔省，貴陽一夕數驚。省政府命令各機構和市民疏散，「貴醫」決定遷往重慶歌樂山。沒有汽車等運載工具，長途跋涉只有徒步而行。李宗恩把自己僅有的黃包車，卸下兩隻輪盤，給同學們用來拖運行李。「在動身的那一天早晨（12月7日），師生齊集附屬醫院門前空地。天氣陰沉，寒峻的北風吹得房屋在戰慄，也吹去心頭的溫暖，大家有說不出來的悲涼與淒清。（李）院長在一個簡單的演說以後，哽咽著喉嚨，流著眼淚，顫抖著聲音說道：『我們來唱——唱一個校歌。』在場的人已是泣不成聲。」 [5] 師生們並不恐懼日本人的兇暴，也不考慮個人的安危全，之所以痛哭是惟恐這剛長成的貴醫因經不住狂風暴雨，而枯零凋萎。
在戰火中在遭遇苦難，在苦難中堅持不懈，國立貴陽醫學院以「永遠獨立」的風姿完整地保存下來。李宗恩儘管承受許多周折乃至誤解，但他懂得作為一個院長的第一意義，就是負擔起自己的責任。出色的業績，使他榮獲了中華民國政府頒發的「抗戰勝利勳章」。獲此勳章的，有國民黨高級數十位將領：何應欽，程潛，閻錫山，馮玉祥，李宗仁，白崇禧等。有八路軍三位將軍：朱德，彭德懷，葉劍英。
