然而，到了3月10日，國安局內部簽文記載：「28日監控林宅電話之錄音帶已沖掉，可以讓刑事局曹局長、林副局長與國安局負責監聽的同事面談，由同事告知內容，而且要保密。」
尤伯祥表示，由此可見在「林宅血案」發生之2月28日至3月10日這段期間，國安局把這段監聽沖掉了。當時國安局聲稱「不知發生林宅血案」並不可信，因為從當日電話監聽就可知道發生林宅血案、且當時林義雄秘書田秋堇第一時間就打電話求救。至於為何把錄音帶銷毀就非常可疑，有以下3種可能性：一、情治機關就是案件主導者，事先知情而默許案件、煙滅證據；二、案發後知情，但凶手與情治機關有關、對威權統治當局有負面影響，因此銷毀掉錄音；三、可能如同國安局說法，純屬意外。
尤伯祥指出，目前手上沒有足夠資料排除「純屬意外」的可能性，但第一、第二種可能性亦無法排除。整體來說，本次調查發現林義雄自宅受到嚴密監控、案發後錄音帶被銷毀、「撥雲專案」不能往國家涉案方向調查等，種種跡象顯示威權統治當局涉入本案嫌疑不能排除，至於未來，希望當局徹底清查、公開相關檔案，完整還原歷史真相。
「不想提起傷心事」 林義雄及家人婉拒受訪
而關於林義雄家人狀況，促轉會委員葉虹靈表示，雖然本次調查有想約詢林義雄家人，但被以「不想提起傷心往事」婉拒，之後促轉會雖然有把調查結果傳到慈林基金會，但不確定林義雄有無看到、看了有何感想。
尤伯祥則補充，對林義雄一家人來說親人被殺害已是非常嚴重的傷害了，而當局在調查過程不只沒有好好給真相，過程也有扭曲，指控林義雄不配合調查真相、不願合作、導致事實真相無法揭露、妨礙偵查等等，「這對他們來說是非常嚴重的傷害，他們對政府調查過程不接受、不信任的痛苦，我們是可以理解的。」
儘管本次促轉會調查「林宅血案」確實有威權統治當局高度涉案嫌疑，然而在關鍵錄音帶遺失情況下，真相依然未明，而在記者會最後尤伯祥也強調：「促轉會的這個調查不是終點，我們甚至也不敢講是不是起點，這只是我們在有限的人力、物力與時間壓力下，必須告訴各位我們查到什麼地方、調查報告要出來，我們只能明確跟各位說：這不是終點。」
調查報告全文請見促轉會：https://www.tjc.gov.tw/statistics/7
