馬蘇會不歡而散，蘇要求馬修改「鳥籠公投法」，馬反唇相譏是2003年扁政府通過立法，民進黨要負最大責任。當晚政論節目，民進黨代表都說是因為朝小野大，不得不通過國親聯盟版本。這種說法固然屬實，但恐怕只說出部分歷史真相。
推動公投法，民進黨前倨後恭
民進黨早在1991年黨綱就納入「以公投決定台灣的國土區域與國際地位問題」，蔡同榮更早在1990年成立「公民投票促進會」，旨在推動直接民權，包括以台灣名義加入聯合國。1990年代在立法院，民進黨不斷提出各種版本的「公民投票法草案」，但提案均未通過。最有名的是蔡公投版本，強調「完全不設限」，允許人民就主權、領土、國號、國旗、國歌等進行公投。
但推動公投運動的力量，並不只局限於統獨議題，同時也包括反核運動。1991年林義雄成立「核四公投促進會」，並從1997年起舉辦多次核四公投千里苦行，使公投運動找到另一個著力點。林義雄的核四公投理念，立刻得到當紅的台北市長陳水扁支持。1996年3月，扁曾在台北市舉行核四公投，據稱投票率約58%，反核占53%，但當時尚無公投法，在法律上無效。
1998-2000年林義雄擔任民進黨主席，大力輔選陳水扁參選總統，2000年扁當選之後，決定力推公投法回報林義雄，但因為朝小野大，始終無法如願。2003年6月國民黨決定反守為攻，不願再受困於「不讓台灣人民決定台灣前途」的反民主指控，改變立場轉向支持公投，公投立法突然得到轉機。
2003年11月，朝野總共提出三個《公民投票法》版本：民進黨行政院版、國親聯盟版、蔡同榮「不設限」版。11月27日進行表決，蔡同榮在當天清晨突然表示撤案，呼籲大家支持行政院版，但程序作業已經來不及。表決結果如下：在210名立委中，行政院版95票贊成、115票反對；蔡同榮版175票棄權、14票贊成、1票反對；兩個版本都被否決。當時民進黨立委有80席，台聯立委14席，顯然行政院版得到民進黨+台聯共同支持，蔡同榮版只得到台聯支持。
當時在表決現場，面對蔡同榮「不設限」版被國、親、民三黨聯合棄權封殺，台聯黨團立刻頭綁紫色布條，抗議通過「鳥籠公投」，民進黨對行政院版無法通過，也表示「深感遺憾」，還痛罵國親聯盟版「完全失去公投真義」、「台灣人沒有尊嚴」！最後通過的公投法，不但訂出雙重二分之一的超高公投門檻，還把創制權限縮在「立法原則」和「重大政策」，不包括「法律」和「憲法修正案」，亦即人民並不能透過公投法來主動創制憲法，只能被動複決立法院通過的修憲案，等於否定了人民發動統獨公投的可能性。
