倍感失望的蔡同榮，在會後記者會痛批：「民進黨竟然正式舉牌棄權，最後只有14票贊成。民進黨攻擊人家（國親聯盟版）是『鳥籠公投』；但人家現在要讓你投票，鳥籠門打開了，你又不敢飛出去」。蔡對民進黨前倨後恭的挖苦描述，堪稱經典之言。
通過國親聯盟版的公投法之後，民進黨儘管高聲表示不滿，但扁政府並未提出覆議，2003年12月31日，陳水扁總統簽字公布《公民投票法》，台灣成為東亞第一個擁有公投法的民主國家。諷刺的是，扁還把他簽字《公投法》用的筆，送給蔡同榮當做紀念。
美國調控鳥籠民主，不許公投改變現狀
2013年3月14日，陳茂雄教授發表「公投法及立委選舉制度困死綠營」，坦率指出「若不是民進黨積極推動『公投立法』，台灣不可能出現『鳥籠公投法』；民進黨真的有夠笨，認為自己的版本可以闖關。立委選制不公，票票不等值，除非國民黨崩盤，否則綠營立委席次難以過半，綠營當然沒有機會讓公投正常化。最可笑的是，目前的立委選制還是民進黨與國民黨合作推出。新的立委選制票票不等值，國民黨佔了天大便宜，民進黨吃了大虧，民進黨拿石頭砸台聯，結果把自己的腳砸爛了」。吊詭的是，民進黨不管是推動公投立法或推動立委選制變革，主要壓力都來自林義雄。
民進黨對公投法的前倨後恭，明顯受制於美國壓力。美國固然樂見台灣民主化，但並不樂見台灣民主受制於由下而上、難以掌握的民粹運動，尤其對於可能導致統獨公投的人民制憲運動，更期期以為不可。2003年民進黨一度支持蔡同榮版公投法，美國即表示「一旦公投不設限，導致兩岸爆發戰爭，美國不一定會派兵參戰」，藉此向扁政府施壓。
公投法通過之後，扁政府仍根據第17條「防禦性公投」條款（當國家遭受外力威脅，致國家主權有改變之虞，總統得經行政院會之決議，就攸關國家安全事項，交付公民投票），於2004年3月連同總統大選，舉行台灣首次公民投票，台海情勢突然又陷入緊張。
當時美國立即反應，表示「反對任何可能改變台海現狀的公投」。這是美國首次用「反對」而非「不支持」字眼，表明美國對台獨公投的明確警告。扁政府在美國壓力下，不得不把公投題目改為缺乏實質意義的「強化國防」（如果中共不撤除瞄準台灣的飛彈、不放棄對台灣使用武力，您是否贊成政府增加購置反飛彈裝備）和「對等談判」（您是否同意政府與中共展開協商，推動建立兩岸和平穩定的互動架構）。即使如此，2004年首次公民投票，儘管兩案分別得到91.8%和92.1%同意票，但仍在國親聯盟發動「不領票」抵制下，因為兩案投票率分別只有45.17%和45.12%，未能超過全體投票人半數，因此在法律上無效。
