中國外交部在此之前的說法更為強硬。中國外交部發言人耿爽1月1日指出，中國漁民的捕魚活動「完全合法和合情合理」，並補充說：「不管印尼方面是否接受，都不會改變這一客觀事實，就是中國在相關水域是擁有權益的。」
印尼《雅加達郵報》2019年12月30日報導，印尼海事安全局記錄顯示，12月19日至24日，至少有63起中國漁船非法進入納吐納海域非法捕魚事件，其中數十艘是中國海警船隻護衛的漁船。
印尼對華態度
印尼總統佐科威（Joko Widodo）與中國關係緊密友好，中國在印尼也有多項基礎建設的投資項目。2014年佐科威剛上任的5個月內，曾兩度造訪中國並與習近平會晤。
不過，為了捍衛納土納群島海域的主權，佐科威對中國的態度強硬。有分析稱，這是因為中國在南海爭議海域主張主權的立場日益激進，使印尼不願在主權問題上讓步。
中國近年來不斷在南海島礁上擴建人工島，更在人工島上進行大規模軍事建設。
長年研究印尼政治的香港城市大學亞洲及國際學系教授佛薩提（Diego Fossati ）向BBC中文表示，印尼堅決回應可能是為了與東南亞其他國家併肩作戰，抵抗中國的威脅。
他分析，佐科威不得不與東南亞盟國一起表示堅決捍衛主權，因為東南亞各國對中國的南海主權主張日趨強硬的擔憂正在加劇。
印尼專家此前批評國防部長蘇比安托（Prabowo Subianto）為了與中國保持友好關係以利經濟，捍衛主權的態度太過軟弱。《外交家》雜誌分析，印尼政府也可能是為了安撫國民才對主權問題做出強烈反應，已表現出能堅定對付中國的決心。
印尼大學軍事專家康尼（Connie Rahakundini Bakrie）對媒體表示：「中國投資和捍衛主權是兩件事，中國對印尼的大量投資不代表能對我們做任何事情。」
為了阻止印尼所稱的中國入侵其海域，印尼政府呼籲在爪哇海作業的捕魚船隊遷往納土納群島海域捕魚。但有學者警告，裝備精良的爪哇島漁民不一定能阻止外國漁船進入，反而可能犧牲當地漁民的利益，而造成漁民間的衝突。
雖然印尼因為捍衛主權與中國關係越來越緊張，但是迪亞哥強調，佐科維仍會與中國維持友好關係，以確保印尼在中國崛起中受益並依靠中國提升當地經濟，當地基礎建設仍有來自中國大規模的投資，因此與中國保持緊密關係的大方向不會因為此次爭執而改變。
