雖然一開始鎖定中南美洲的熱帶雨林區，但在規劃的過程中，遇到經費、資源、保育問題等現實面的考量。曹先紹認為「有多少錢做多少事」，原本預計要6億的預算，但無奈最後能動用的資金只有不到4億元。
舉例而言，本來預計在園區展示美洲豹，但由於經費關係，動物園只能咬牙取捨掉，曹先紹說，大部分的貓科動物在動物園養的都不錯，所以以保育當作更優先的順序的話，就不用再去重複養美洲豹了。
保育從「做得好的開始」 一探那些不住在中南美洲的動物
雖然以南美洲亞馬遜河流域環境為展示主軸，但是館內許多動物的原棲息地卻不是中南美洲。在戶外區展示的馬來貘原分布於東南亞，生活在低海拔的熱帶雨林。曹先紹表示，原本預計的展示物種是中美貘、南美貘，但許多歐洲的合作單位都建議，位處亞洲地區的台灣，環境最適合保育馬來貘，而台北市立動物園最終也採用建議。曹先紹指出，如果甚麼都想保育的話，可能到時候其他物種養不好，最後還是只有馬來貘，反而如果好好培育馬來貘，之後有可能可以和其他單位交換動物，故保育物種應該從「可以做得好的開始」。
此外，台北市立動物園在收容計畫裡查緝進20幾隻穗鬚原鯉，雖然這種魚類是分布在柬埔寨、寮國、馬來西亞、泰國及越南的物種，但由於他們的身長最大可以長到1.5公尺，加上為數可觀，沒有其他適合的大型缸可以放置，所以最後只能將其放入穿山甲館，跟象魚養在一起。曹先紹指出，必須要在故事線上，強迫自己轉一個角度，也許他（穗鬚原鯉）在中南美洲有親戚，但也不一定要展示中南美洲的鯉科，而是展示生態中有相同角色的物種，且現階段需要被保育的物種。
