十一、交通部明知丸紅公司採用之CBTC-EP無線通訊式列車控制系統，於規格審查階段尚無使用實績，尚非成熟穩定之系統，卻未於履約階段設計審查時，要求丸紅公司改用技術成熟穩定之號誌設備，導致所採用之無線通訊式列車控制系統，於測試期間異常狀況頻仍，顯有重大疏失。（何煖軒、吳福祥部份）
十二、ME01標合約內僅訂定達成商業運轉或竣工之主里程碑，欠缺其他重大里程碑的管考時程，對丸紅公司之罰則不充分具體，不但難以管控丸紅公司工程進度，亦導致政府須承受難以預期之各項成本及無法正確預估通車完工之風險，核有重大違失。（何煖軒、吳福祥部份）
十三、高鐵局因無興建捷運之經驗，辦理機場捷運發包作業過於粗略，未能預見土建工程具有營建原物料波動、環評及用地取得等風險因素，致未將上述因素列入考量，誤判形勢，採取先機電後土建之發包策略，94年12月機電系統工程決標後，因95年預算審議延遲、96至97年原物料大漲等因素，土建標至98年2月始全部發包完成開工，導致土建標之軌床及機房交付重大延遲，使機電統包商丸紅公司反以此為藉口，在本身機電設計亦有遲延之情形下，進行鉅額求償，高鐵局核有重大疏失。（何煖軒、吳福祥部份）
十四、高鐵局於履約期間，未依法查處丸紅公司涉嫌違法轉包之檢舉案件，亦未積極查證英維思公司以「材料設備供應商」名義主導合約主要部分之履行；迨英維思公司向總顧問中興工程自證轉包時，該局已解除丸紅公司第1期6億3,725萬元之履約保證責任而無法追索；嗣該局又允諾丸紅公司解除第2、3期履約保證責任，並主張僅號誌設計涉有轉包；且該局明知號誌系統因違法轉包，衍生無法掌握技術、工程品質及進度之重大問題，同時可預見後續整合測試將發生困難，卻未採取積極有效之作為，依法督促英維思公司負連帶履行責任，僅能依賴丸紅公司所提之「執行計畫」，致又錯誤預估通車期程為104年底，一再失信於民，坐困愁城，迄今仍無法達成，均有重大違失。（朱旭、胡湘麟部份）
十五、工程會忽視ME01標為機場捷運之核心項目，未汲取臺北捷運採最低價標之成功經驗，且未能正視採用統包機制，卻缺乏監造能力及完整技術規範之事實，僅將工程延宕單純歸咎為未採最有利標所致，所持見解，或有以偏概全之虞，工程會顯未確實檢討捷運核心機電系統統包之招標作業，亦未善用國內捷運建設累積之經驗及人才，以上缺失，皆不利於國內後續捷運建設推展，應再檢討改進。
十六、工程會於機場捷運測試進度延遲、異常事故頻傳、工程品質未達合約規範之際，為平息民怨，儘速達通車之目標，竟未顧及ME01標未達合約所訂有關營運效能等基本要求，及完工通車後1年始辦理驗收之規定，甘冒尚有隧道行車法規限制，仍簽請行政院院長建議辦理減價收受，致引發外界對行車安全之質疑，工程會簽報建議應有違該會前函及逾越主管機關權責範圍，是否妥當，亟應檢討。
十七、機場捷運計畫延宕至今無法通車，102年之後主要可歸責於機電工程統包商丸紅公司整合能力不足及違法轉包予英維思公司等事由，高鐵局明知丸紅公司所提各項爭議多為商業手段，依合約一般條款第21.3規定，雙方爭議處理原則上以調解及民事訴訟為主，而未審慎評估採仲裁解決爭議之風險，就丸紅公司所提求償金額高達23億8千餘萬元之案件，簽署合意仲裁協議，思慮尚有欠周。
另何煖軒於105年7月27日以書狀申請本案三位調查委員應自行迴避一節，監察院監察委員紀律委員會業於同年8月4日第5屆第4次會議決議：「本案經本會委員充分討論後，前揭調查案之三位調查委員調查該案並無監察法施行細則第三條第一項第四款及監察委員自律規範第八條第五款所規定應自行迴避之情形。」併予敘明。
