在對北政策上的韓美衝突
雖然詹森總統決定朝外交途徑解決，但是韓國的立場並不一致。普韋布洛號事件正好發生在一二一事件兩天之後，朴正熙政府情緒正激昂，強烈主張即刻反擊。一月二十四日駐韓美國大使波特與朴正熙總統會面時，更加凸顯韓美之間的立場差異。波特接獲國務院指示，將美方的立場轉達給朴正熙總統。美國政府就自己立場強調：「反對韓國軍方針對一二一事件做任何回擊，美國計劃透過聯合國軍司令部及軍事停戰委員會來解決普韋布洛號問題，同時藉由蘇聯協助要求北韓歸還船隻和船員。」朴正熙主張：「北韓若再挑釁，將立即進行報復。」此外他也要求美國：「普韋布洛號問題若沒有得到解決，就應該削弱北韓的空軍力量，然後沿著東海岸空襲北韓的海軍基地。」波特對此的回應是必須慎重，當務之急應該是思考，而非行動。
一月二十五日美國國務院發電文給美國駐韓大使：「美國對於韓國政府的自制給予高度評價，詹森總統指示立即派遣二百五十架到三百架戰鬥機前往韓國和鄰近地區。」美國試圖以強化軍事力量來消解韓國的不安。不過二月三日朴正熙再一次對波特大使強調：「韓國軍隊雖然沒有單方面行動，但是北韓如果進一步挑釁，韓國必會採取報復手段。」隔天詹森再次傳達請求克制的訊息給朴正熙。
不過韓國對北韓與美國的板門店祕密會談從一開始就強烈反彈。朴正熙把波特找過來，針對美國只討論普韋布洛號問題，卻不把一二一事件及北韓在DMZ的挑釁當一回事，向波特轉達「韓國國會與輿論」的憂慮。此外朴正熙也要求讓韓國政府加入軍事停戰委員會。波特回應說：「美國政府認為，韓國如果不參加，會有助於與北韓的關係進展。」北韓想利用朝美雙邊會談做為宣傳手段，當然也就不希望韓國參加。
北韓的意圖明顯，南韓也不想退讓。二月五日朴正熙在寄給詹森的信中強調：「普韋布洛號的問題與北韓挑釁南韓的問題如果只解決其中一個，韓美兩國的共同目標就不算達成，韓國雖然同意美國慎重對應，不過對於更多的挑釁一定會採取報復措施。」
在二月六日由美國大使波特與聯合國軍司令官邦尼斯蒂爾、韓國總理丁一權、外務部長崔圭夏、國防部長崔榮喜、中央情報部長金炯旭等人參加的會議上，韓國更具體地表達了不滿。丁一權總理批評美國說：「美國只把心思放在解決普韋布洛號的問題上，對於韓國的安保卻不在乎。」
韓國的報復意志與美國的遊說
美國繼續試圖說服韓國。二月七日詹森針對朴正熙的信函給予回覆。朴正熙政府對板門店會議提出兩點要求：第一點是將會議從非公開改為公開；第二點是讓韓國參加。詹森總統在回信裡清楚寫著：「北韓想利用會談做為宣傳的場合，所以舉行公開會議會有困難。」還有，「不知道北韓是否同意韓國參加會談，也不希望因為這個問題導致會議沒有共識」。取而代之的是詹森表示會追加一億美元的軍事經費等軍事援助。
