在香港政府公布的罪行中，一些罪名可能令學者有麻煩，例如《走私及違禁品進出口罪》，學者出入境攜帶的資料，例如所謂「禁書」，會否被視作違禁品？又或者《協助、敎唆、慫使或促致他人犯罪》，就算學者身在香港，去做鳥坎村事件、佳士工運等研究，會否被指協助他人犯罪？
「如果你是研究工人罷工，就算你的不是想揭露政府什麼，只是想知道工人內部動員機制，但不可避免訪談會出現對政府的批評，因為這是現實嘛，工人自己會說。現在國內對於群體事件很敏感，工人罷工連新聞都上不了，所以只要是做這個題目，和群體事件相關，馬上就高度敏感，」黎明說。
「佔中」發起人兼社會學者陳健民在被判入獄前對BBC中文說，過往自己曾深入研究大陸的公民社會，與許多中國非政府組織和慈善機構關係密切，擔任過這些組織的顧問，如今他成為大陸的眼中釘，條例一旦通過，他也可能被施加一些罪名，被帶返大陸受審。
另外，香港學術界近年在經費上開始依賴中國大陸的官方及非官方機關，但這些撥款並沒有清晰的規範和指引，有學者憂慮，稍有不慎會被指利用撥款貪腐。
黎明說，現在最麻煩的問題就是官方不會有一個清晰的指引，告訴你政權可以接受的界線，即使學者不認為自己的課題有問題，但在特定處境下，可能會觸動權力神經，這樣才最令人擔心。
法律界：衝擊法治
過往香港發生重大法律爭議事件之時，應該保持中立的法官也甚少作出任何表態，但今次《逃犯條例》，有3名資深法官以匿名的身份，接受《路透》（Reuters）訪問，表達對條例修訂的關注，形容修例是香港司法體系面臨最嚴峻的挑戰之一，威脅香港商業、政治和外交界別。
「修訂忽略了信任的重要性，在大陸的情況下，這根本並不存在，」一名香港資深法官對《路透》表示，「我們許多人覺得這並不可行，感到非常困擾。」
香港政府表示，修訂以後，香港處理移交逃犯時，首先由行政長官啟動程序，然後交由法庭審批，再交由行政長官批出移交令，一些法律界人士形容，這是「把法官擺上台」，因為在移交案件中，香港的法官不是去審理這宗案件，無法審視其他地區提供證據，而只是判斷是否符合基本移交條件。
12名現任及前任的大律師公會主席發表連署聲明，指簽訂引渡協議必須先確定這些地區的刑事法律制度可否與香港兼容，他們擔心，將來只要特首一紙證明，便可啟動引渡或移交程序，將被告送到一個未能符合《世界人權宣言》或《公民權利和政治權利國際公約》國際標凖的權利保障的地區受審，整個決定過程中，香港立法會並無角色可言。
